Население Печорского края стало увеличиваться на рубеже XVII –XVIII веков, это было связано с расколом Русской церкви (1666г.), когда ревнители старой веры стали искать уединения от жестоких преследований в суровом северном краю. Сюда бежали старообрядцы из Москвы, Новгорода, Поморья.
Усть-Цильма стала центром печорского старообрядчества на северо-востоке европейской части России.
Еще в 1547 году основателями села была поставлена первая церковь из лиственного леса, названная в честь Николы Чудотворца. Обращение народа к образу святого была не случайным. Как известно, Никола Чудотворец, наиболее чтимый святой, занимал исключительное место в русском религиозном сознании, самый ближайший помощник людей во всех прошениях и нуждах. Он является покровителем различных видов хозяйственной деятельности, путешествующих, и не исключено, что переселенцы перед дальней дорогой взяли с собой икону этого святого и тем самым заручились его поддержкой. Все церкви за историю существования Усть-Цильмы названы в честь Николая Чудотворца.
Вскоре первая церковь сгорела, и в конце XVI века была возведена новая. В 1752 году построили Никольскую церковь с шатровой колокольней. 125 лет служила она людям. В 1877 года ветхое здание разобрали.
В 1851 году жители села построили еще одну церковь, как и предыдущую – деревянную, но пятиглавую, с колокольней над папертью. Это была единоверческая церковь.
Кроме того в Усть-Цильме в те годы стояла и большая старообрядческая церковь на ул. Набережной, но в 20-е годы ХХ в. после смены власти имущество церкви уничтожили, а само здание разрушили в начале 1940-х гг.
Долгое время старообрядцы Усть-Цильмы продолжали вести тайную духовную жизнь. Исполняли требы и таинства, велись праздничные богослужения в домашних моленных. В начале 1990-х годов зарегистрировано религиозное общество старообрядцев в с. Усть-Цильма с передачей общине молельного дома.
В начале 2000-х началось строительство нового старообрядческого Храма Николы Чудотворца. Строительство продолжалось около 10 лет. В августе 2012 года храм был освящён. Это один из крупнейших храмов Поморского согласия, построенных после 1917 года.
В 2016 году была освящена новопостроенная православная церковь святителя Николы.