Проводя завоевательную политику в стиле Чингисхана, Джунгарское ханство не могло не столкнуться с другой сильнейшей державой своего времени, маньчжурской империей Цин. Оба этих государства имели свои виды на Восточный Туркестан, Тибет и Халха-Монголию, что не могло не привести к войне между ними, которую джунгары почти выиграли, но из-за внутренних раздоров потеряли все.
Конфликт между джунгарами и маньчжурами разгорелся в год возникновения обоих империй - 1645 - и был связан с экспансионисткими устремлениями обоих государств: шедшие по пути Чингисхана джунгары нацелились на Китай, который прибирала к своим рукам империя Цин, в то время как маньчжуры крепко обосновались в восточной Монголии и собирались присоединить к своим владениям западную, занятую джунгарами, но так как джунгары и маньчжуры были заняты завоеваниями в других областях, до прямого вооруженного конфликта дело долго не доходило. Все изменилось в 1688 году, когда джунгары вторглись в восточную Монголию и разбили местного правителя Тушету-хана, который сдался было на милость маньчжурских завоевателей. Подобный шаг джунгар был воспринят маньчжурами как посягательство на их национальные интересы и в 1690 году началась Первая ойрато-маньчжурская война, к которой обе стороны оказались не готовы, поэтому первая же битва маньчжур с джунгарами на реке Ологой 21 июля 1690 года окончилась для маньчжур полным разгромом, хотя они планировали сражение как свою сверхлегкую победу: превосходящяя по численности армия маньчжур должна была окружить стоявший на реке Ологой лагерь джунгар, перебить стоявшую там армию и двинуться на запад, но джунгары благодаря неграмотно произведенной маньчжурами разведке узнали все о противнике, отбили все его атаки на лагерь и чуть не окружили их самих, заставив спасаться бегством в Маньчжурию.
Ологойский позор показал маньчжурам, что джунгары - сильный противник и в следующий раз на них обрушилась вшестеро большая армия во главе с императором Канси, но и она ничего не смогла сделать в четырехдневной битве при Улан-Бутуне 1-4 августа 1690 года. Все последющие семь лет джунгары громили маньчжур на поле боя и лишь активная маньчжурская пропаганда смогла сначала оттолкнуть монгол от джунгар, а затем помогла маньчжурам победить в битве на реке Тэрэлж 13 мая 1696 года, после чего восточная Монголия на законных основаниях вошла в империю Цин.
Джунгары не смирились с поражением и в 1715 году война с маньчжурами разразилась с новой силой. Первоначально война шла довольно вяло, главным образом из-за шедшей паралельно казахско-джунгарской войны. Все изменилось в 1729 году, когда джунгары потерпели поражение в Казахстане, а маньчжуры взяли на вооружение китайскую тактику военных поселений, но она помогала им слабо, джунгары с завидным постоянством громили маньчжурские войска и гоняли их по всей Монголии и Тибету и лишь заключение мира в 1739 году, по которому стороны поделили между собой Монголию, спасло империю Цин от полного разгрома.
В середине XVIII века Джунгарское ханство впало в полосу междоусобиц, чем немедленно воспользовались маньчжуры, в 1755 году вторгнувшись в Джунгарию. На этот раз они с легкостью одерживали победы, не помогала ни ярость джунгар, сражавшихся за свою свободу и независимость, ни восстание в восточной Монголии, ни активная помощь со стороны России. Ответом на отчаянное сопротивление джунгар стал их геноцид со стороны маньчжур, в результате которого часть тех, кому повезло уцелеть, ушли в Россию (также к ней присоединился входивший в Джунгарию Горный Алтай), а западная Монголия вошла в состав Китая до начала ХХ века.
