Это памятник XV-XVIII вв., сохранивший плановую структуру и много элементов готики. Наиболее значительная реконструкция фасадов и интерьеров сделана в период барокко: перестроены основной западный фасад, центральный алтарь, некоторые боковые часовни; перестроена и повышена колокольня, позже дополненная элементами классицизма.
Благодаря большому объему и выделяющемуся силуэту костел в па-нораме старого города Вильнюса, а также в ансамбле зданий Университета является одним из доминирующих сооружений.
В 1965 году начались работы по его реставрации. В здании нужно было сделать неотложный ремонт, укрепить его, реставрировать и приспособить к современным нуждам (оно предназначалось для исторического музея Университета). Руководитель работ - архитектор Р. Яловяцкас.
Проведено комплексное исследование памятника: собрано и обобщено множество исторических данных (историк Т. Дамбраускайте), предпринят большой объем натурных исследований (архитектор Р. Яловяцкас), позже дополненных поисками монументальной живописи (художник А. Калитите и др.). Исследования помогли найти в здании многие элементы готической архитектуры (в их числе южный портал, все подвалы), установить место и объем монументальной живописи, а главное - определить эволюцию строительства. Все это обобщено в историко-стилистической картограмме и послужило материалом для проектирования реставрационных работ в костеле.
Сохранение элементов всех стилистических периодов, имеющих архитектурную или художественную ценность, - основная черта реставрации этого памятника. Некоторые элементы интерьера более древних эпох были тактично раскрыты и фрагментарно реставрированы как документы истории архитектуры памятника.
Раскрытие монументальной живописи
В костеле св. Йоно впервые в Литве предприняты работы по раскрытию монументальной живописи. Фрагменты ее на сводах оформлены для экспонирования в виде раскрытых зондажей, в будущем же предполагается постепенно раскрыть всю живопись.
В процессе реставрационных работ были применены способы консервации и реставрации. Вначале очищались надгробные памятники, алтари, светильники и другие тому подобные элементы.
Консервировалось сохранившееся в подлинном виде, и только по имеющимся образцам заполнялись и реставрировались недостающие части (например, металлические люстры, светильники). Витражи воссоздавались на основе их остатков, обмеров, цветных чертежей.
Это были первые в республике, только около 1968-1969 гг. начатые работы по комплексной реставрации художественного интерьера. Еще не хватало специалистов, не сложились традиции работы. Вначале слабо фиксировались отдельные художественные элементы интерьеров, не готовились технологические проекты их консервации и реставрации. В последнее время положение исправляется, особенно после стажировок литовских специалистов в реставрационных организациях Ленинграда, Москвы, Киева.
При реставрации экстерьера здания металлические декоративные украшения пришлось заменить их точными копиями, так как металл был полностью изъеден ржавчиной.
Решая вопрос об отоплении здания, хотели избежать устройства традиционных радиаторов центрального отопления, от которых мог бы испортиться (закоптеть) художественный декор. Систему отопления скрыли в конструкции пола. Всю сеть труб и их каналов провели так, чтобы максимально сохранить подвалы. Для этого, правда, пришлось поднять полы, и в одном месте получилось занижение надгробных памятников, а в другом (возле хоров) теперь закрыты базы колонн.
Планомерность и последовательность ведения работ дали возможность уже в 1970 году устроить в этом здании временную выставку в честь 400-летия библиотеки Университета. Завершение работ предполагается к предстоящему в 1979 году юбилею Университета.
