6 июля 1966 года с площадки 81 космодрома Байконур стартовала ракета УР-500. Она вывела на орбиту космический аппарат «Протон-3» массой около 12 200 кг, почти 60% которой составляло научное оборудование. Интересно, что УР-500 сразу создавалась как универсальная ракета. Из нее можно было создавать и баллистические, и космические модификации.
Для космического аппарата в Научно-исследовательском институте ядерной физики (НИИЯФ) Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова был создан специальный прибор СЭЗ-14 (Спектр, Энергия, Заряд до 10^14 эВ) массой около 7 тонн! В состав прибора входил калориметр, а также детекторы заряда частиц в виде ионизационных камер и мишени из графита и железа, в которых происходило взаимодействие частиц с веществом. СЭЗ-14 предназначался для изучения энергетического спектра и химического состава галактических космических лучей сверхвысоких энергий.
По данным РГАНТД, честь дать название новому тяжёлому космическому аппарату досталась учёным-физикам из НИИЯФ, которые и разработали СЭЗ, устанавливавшийся в первых трёх аппаратах. Считается, что название появилось само собой — в честь тяжёлой субъядерной частицы протона. Более того, разработчики из ОКБ-52 хотели назвать УР-500, переделанную под ракету космического назначения, «Геркулес» или «Атлант», но название «Протон» прижилось и для ракеты.
Успешное выполнение обширной программы исследований по определению энергии и состава первичных космических лучей, интенсивности и энергии гамма-лучей и электронов внесло большой вклад в физику. Исследования «Протонов» показали, насколько многообразна природа элементарных частиц. А СССР получил тяжёлую ракету-носитель «Протон», которой только сейчас на смену приходит «Ангара».