В 1728 году был построен Воскресенский храм в старинном торговом селе Подол. При Екатерине II село было преобразовано в уездный город Подольск, и бывшая сельская церковь стала соборной. В первой половине XIX столетия в Подольске был построен большой Троицкий собор в стиле ампир, и с 1825 года старая Воскресенская церковь стала считаться кладбищенской.
Воскресенская деревянная церковь в селе Подол Пехра тож упоминалась в писцовых книгах за 1620-х годов и в дозорных книгах 1680 года. В этот период земли современного Подольска были вотчинами московского Данилова монастыря. В 1728 году началось возведение белокаменного храма, сохранившегося, несмотря перестройки, до нашего времени.
В синодальных документах говорилось следующее:
Июля четвертого числа запечатан указ о строении церкви по челобитью Данилова монастыря, что при Москве, игумена Герасима с братиею, велено построить в вотчине их в московском уезде, в селе Подоле, на старом церковном месте, вновь каменную церковь во имя Воскресения Христова, да в приделе Николая Чудотворца.
Императрица Екатерина II в 1781 году учредила Подольский уезд Московской губернии, а село Подол стало его центром - городом Подольском. Появились и необходимые атрибуты города: дворец, дом присутственных мест, народное училище, а Воскресенская церковь стала считаться собором. В 1790-1798 годах были пристроены Троицкий и Никольский приделы.
Подольский городничий Алексей Андреевич Романов в 1813 году констатировал, что старый Воскресенский собор уже не может вмещать всех прихожан из-за роста городского населения. Городской глава писал в ходатайстве к церковному начальству:
Будучи устроенной судя по количеству жителей того времени, по тесноте своей не вмещает и половинного числа нынешних жителей противу прежнего
Состоятельные горожане захотели построить более "представительный" главный городской храм. Действительно в 1819 году началось возведение Троицкого собора на новом месте у городских торговых рядов.
Воскресенская церковь с 1825 года стала именоваться кладбищенской. С тех пор она некоторое время не имела собственного причта и была приписана к новому Троицкому храму. Уже в мае 1825 года, когда новый собор еще не был окончательно готов, священник и причт Воскресенской церкви обратились к московскому митрополиту Филарету Дроздову позволить им перенести свои дома от кладбища ближе к Троицкому собору.
Однако старая церковь не была заброшена благодаря попечению московского купца Сергея Трифоновича Прохорова. В материалах трудов Императорского московского археологического общества о Воскресенской церкви сказано следующее:
Означенная церковь построена когда и кем – неизвестно. Зданием вся из белого камня, кроме придела с южной стороны, приложенного после из кирпича. Возобновлена эта церковь в 1854 году московским купцом Сергеем Прохоровым.
16 сентября 1854 года состоялось освящение восстановленной церкви. Торжество возглавил митрополит московский Филарет Дроздов. В 1871-1874 годы на средства того же Сергея Трифоновича Прохорова при Воскресенской церкви появилась богадельня на 20 человек. В этот период в Воскресенской кладбищенской церкви был восстановлен собственный причт.
Северный Никольский придел храма в 1885 году был переложен новым кирпичом, было проведено отопление. В 1903 году причт и староста Воскресенской церкви решили расширить и южный Троицкий придел "соответственно приделу правому и мерою и фасадом". В это же время было построено здание церковно-приходской школы, попечительницей которой стала жена директора цементного завода Е. Е. Паутынская.
Архитектуру старинной белокаменной Воскресенской церкви Подольска высоко оценивал искусствовед А.И. Некрасов. Вот что он писал в 1928 году:
Одноапсидная церковь с внутренно целостным, замкнутом в себе, статическим пространством, покрыта сомкнутым сводом и в этом отношении продолжает традицию XVII века. Однако в церкви есть нечто новое; ее пространство не устремляется вверх до потери чувства отношения к стоящему внизу человеку; напротив, умеренная высота как будто бы создана для того, что бы пространство могло быть легко прочувствовано, а не только созерцательно усвоено.
Некрасов считал, что облик Воскресенской церкви представляет сочетание древнерусской традиции и западноевропейского искусства. Полукруглые выступы стен кубического объема храма напоминают прием европейского стиля барокко – дуговой фронтон посреди фасада. Такой же прием использовали зодчие при строительстве нескольких несохранившихся до нашего времени московских церквей начала XVIII века: Панкратиевской в Ананьевском переулке и Троицкой в Капельниках на бывшей 1-й Мещанской улице.
Характерная для русского зодчества шатровая колокольня Воскресенской церкви также была выстроена в западных пропорциях. Всего через год после публикации Некрасовым этого интересного обзора, церковь была закрыта, а кладбище ликвидировано. Шатровая колокольня была сломана незадолго до начала Великой Отечественной войны. В Воскресенском храме в разные годы размещались мастерские по ремонту танков и мотоколясок, фабрика, гранитная мастерская и другие учреждения. В послевоенный период церковь была сильно перестроена.
Возрождение древнего памятника Подольска и богослужебной жизни началось в 1994 году. В Воскресенской церкви хранится один из списков чтимой подмосковной святыни – Бронницкой Иерусалимской иконы Божией Матери. Этот образ был написан в 1816 году в Москве специально для Воскресенского кладбищенского храма на средства Федора Алексеевича Еремеева, погребенного при церкви.