Город считается преемником поселения Усть-Шексна, которое было расположено на противоположном берегу Волги от исторического Рыбинска. Первое летописное упоминание об Усть-Шексне относится к 1071 году, что делает Рыбинск одним из пяти древнейших городов области. Городом Рыбинск стал в 1777 году по указу Екатерины II «О преобразовании Рыбной слободы в город Рыбной». До революции был крупнейшим в России центром торговли зерном, перегрузочный центр Мариинской водной системы, прозванный «столицей бурлаков». После строительства Рыбинской ГЭС в 1930-х годах, к северо-западу от города было создано Рыбинское водохранилище — крупнейший для своего времени искусственный водоём мира. Рыбинское водохранилище необычайно широко и мелководно, оно затопило большие площади земель в поймах рек Шексны и Мологи, за что данный проект подвергался критике. Водохранилище, кроме многих сёл и деревень, затопило город Молога, население переселили в соседние города. Хлебная биржа в Рыбинске, открытая в 1842 году,