Игра начинается в 22-ом веке, когда человечество начало колонизировать космос. Во время колонизации различные космические суда направлялись на неосвоенные планеты, и каждый корабль шел со своей особой миссией. Одно судно, Аврора, было направлено для постройки фазовых врат, сложного устройства для перемещения в пространстве. Также у Авроры была вторая миссия — найти выживших с шахтерского корабля "Дегази", который пропал 10 лет назад.
Тем не менее во время маневров возле океанической планеты 4546B, по Авроре ударил мощный энергетический луч неизвестной природы, сильно повредив корпус корабля, в результате чего судно потерпело крушение. Во время падения от Авроры отделились спасательные капсулы. В одной из этих спасательных капсул (а точнее, в пятой) и находится игрок (Райли Робинсон). Во время приводнения капсулы на поверхность океана, панель, оторвавшись от стенки ударяет игрока по голове, и он теряет сознание на три часа. Придя в себя, игрок обнаруживает, что в капсуле бушует пожар. С этого момента начинается игра.
Есть еще как минимум 10 других спасательных капсул, большинство из которых приземлились удачно. Одна приземлилась слишком близко к Авроре, остальные погрузились в воду. В то время, как персонаж 3 часа был без сознания в его спасательной капсуле, другим выжившим повезло меньше. Некоторые капсулы вышли из строя, что привело к гибели членов экипажа находящихся внутри, остальные же смогли выжить при приземлении, но были убиты позже местными хищниками. В итоге игрок оказался единственным выжившим из команды Авроры.
После 5 игровых дней игрок получает радиосообщение по радио в спасательной капсуле. Сообщение исходит от находящегося неподалёку торгового корабля "Солнечный Луч", который получил сигнал бедствия с Авроры и летит на помощь. Игроку сообщается о том, что корабль приземлится на ближайшем острове через 40 минут игрового времени. Когда игрок прибывает на остров, капитан Солнечного Луча Эвери Куинн сообщает ему, что корабль почти на месте, и почти в тот же момент как игрок увидел судно, инопланетное супероружие "Система ПВО Предтеч" стреляет по Солнечному Лучу, полностью его уничтожая. Произошедшее лишает игрока последней надежды выбраться с планеты.
Через несколько дней после начала игры Аврора взрывается из-за нестабильности ядра реактора. Взрыв сильно повреждает корпус, разбрасывая вокруг целые секции корабля и создавая прорехи, через которые игрок может попасть внутрь Авроры в противорадиационном костюме и починить реактор, излучающий радиацию вокруг корабля. После починки реактора радиация рассеивается за три игровых дня. На борту Авроры также можно найти рабочие информационные терминалы, данные с которых могут быть загружены в КПК и при прочтении раскрывают детали сюжета, указывая некоторые важные для посещения места. Также через терминалы, найденные на Авроре, игрок может узнать о её второстепенной миссии.
Позже игрок, проследовав по координатам из записи "расположение инопланетных баз", узнает о инопланетных разумных существах (Предтечах) и смертельно опасной бактерии Хараа, которой заражена планета. Предтечи построили мощную энергетическую пушку, чтобы не дать возможности иным формам жизни попасть на планету или покинуть её, и тем самым предотвратить распространение Хараа по другим планетам, которое могло бы привести к ужасным последствиям. Опираясь на полученные данные, Предтечи построили как минимум 4 базы на планете примерно за 1000 лет до, крушения корабля "Дегази", и исчезновения его экипажа
Далее по сюжету, игроку необходимо добраться до Затерянной реки, и найти Центр исследования болезни. Внутри будут находится многочисленные останки вымершей и ещё существующей фауны, органы Стража на сборочном конвейере (Всё это доступно для сканирования). После взаимодействия с терминалом предтеч игрок обнаруживает что его болезнь прогрессирует всё сильнее (Появляются зеленые наросты на руках). Вследствие чего отношение стражей к игроку изменится на более агрессивное.
Далее игроку предстоит добраться до Инопланетной теплоэлектростанции и затем до Главного изоляционного комплекса, с содержащимся внутри Морским императором, после монолога которого игроку дается задание найти ингредиенты для Инкубационных ферментов и приготовить их. Далее игроку следует вставить ферменты в инкубатор что приведет к вылуплению детей морского императора. Затем игроку следует выпустить детёнышей морского императора на волю. На свободе они произведут фермент 42, при помощи которого игрок сможет вылечиться. После излечения становится возможным отключить ПВО, после чего можно запустить космическую ракету "Нептун", чертёж которой игрок может найти на Авроре в каюте капитана, пароль от которой пришлет "Альтерра".