Энн родилась 8 марта 1697 года в маленьком городке недалеко от Корка в Ирландии, где её отец Уильям Кормак служил адвокатом. Когда девочке исполнилось пять лет, он отправился за океан в Южную Каролину, где стал владельцем большой плантации. Детство Энн прошло в богатом колониальном особняке со множеством слуг. Отец души не чаял в любимой дочери и не пожалел денег, чтобы дать ей хорошее образование.
Она считалась хорошей партией, и отец уже подыскивал ей выгодного жениха. Но она сделала его несчастным, выйдя тайно замуж за Джеймса Бонни, простого матроса, не имевшего в кармане ни одного пенни. Скрываясь от разгневанного отца, молодожёны сели на корабль, отправлявшийся на остров Нью-Провиденс.
Прибыв на место, она быстро сошлась с богатым плантатором Чайлди Байярдом. Однако вскоре произошла безобразная история, в результате которой Энни оказалась замешанной в убийстве двоюродной сестры губернатора Ямайки. Энн бросили в тюрьму, правда ненадолго. К счастью для неё, Байярд не поскупился на солидную взятку, чтобы вызволить её оттуда. Вместе с ним Энн совершила несколько торговых поездок по Новому Свету.
Через некоторое время она стала тяготиться обществом Байярда. В мае 1719 года она познакомилась в одной из таверн с пиратом Д. Рэкхемом, который начал оказывать ей постоянные знаки внимания.
Энн Бонни всё ещё была женой мелкого пирата Джеймса Бонни, который перешел на сторону властей и теперь влачил жалкое существование, информируя губернатора о своих бывших товарищах. Энн и Джек увлеклись друг другом и даже ходатайствовали к губернатору об аннулировании брака Энн. Получив отказ, Джек решил собрать команду, захватить подходящее судно и снова заняться пиратством. Энн переоделась в мужскую одежду и последовала за Рэкхэмом, который взял её с собой в море.
Энн Бонни не раз доказывала, что никому не уступит в смелости и умении драться. Волею случая они с Рэкхэмом захватили корабль, на котором плыла переодетая мужчиной Мэри Рид. Рид, за спиной которой была армейская подготовка, была единственным пассажиром, не сдавшимся пиратам и принявшим бой. После нескольких неудачных попыток справиться с Рид, ей предложили присоединиться к команде и она согласилась. С этого времени Бонни, Рид и Рэкхем пиратствовали втроём.
В октябре 1720 года Мэри, Энн и Рэкхэм все же были пойманы капитаном Джонатаном Барнетом по приказу губернатора Ямайки Николаса Лоуса.
Её казнь, а также казнь Мэри все время откладывалась по причине беременности. Отцы были неизвестны. По слухам Энн и Мери неоднократно предлагали себя страже, так как понимали, что это единственное, что убережет их от казни. В конце концов, приговор так и не был приведён в исполнение. С этого момента история Энн Бонни исчезает из официальных записей. Существует несколько (абсолютно ничем не подкрепленных) предположений о её дальнейшей судьбе. По одной из них она вновь связалась с пиратами и погибла в одной из абордажных схваток. По другой — была выкуплена своей богатой семьёй. Согласно Оксфордскому словарю национальной биографии (представленные потомками Энн доказательства говорят о её дальнейшей жизни следующее:
Её отцу удалось добиться освобождения Энн Бонни из тюрьмы и вернуть её обратно в Чарльстон, где она и родила второго ребёнка Рэкхэма. 21 декабря 1721 года она вышла замуж за Джозефа Берли, с которым впоследствии у них было десять детей. Она умерла 22 апреля 1782 года в Южной Каролине почтенной женщиной в возрасте 85 лет и была похоронена 24 апреля того же года.