Первая часть:
В августе 2023 года Нью-Йорк поражён неизвестной болезнью, прозванной "манхэттенским вирусом". Частная военная компания CELL, подчиняющаяся "CryNet Systems", по контракту с правительством США вводит в городе карантин и военное положение. Меры, применяемые CELL, провоцируют недовольство среди населения, но любые выступления (в том числе словесные) против политики компании жёстко подавляются.
Пророк, который борется против инопланетного вторжения и CELL одновременно, запрашивает подкрепление в виде разведгруппы морской пехоты "Омега-1", с целью найти и эвакуировать из города учёного-нанотехнолога Нейтана Гулда, обладающего важными сведениями о болезни. Однако группа, атакованная боевым кораблём цефов, погибает. Одного из бойцов, Алькатраса, прибивает к берегу, где его подбирает Пророк.
Когда Алькатрас приходит в себя, то обнаруживает, что на него надет костюм.
Рядом лежит труп Пророка.
Включается запись, которую оставил Пророк перед смертью. Из неё выясняется, что он, пытаясь найти метод борьбы с инопланетным вирусом-спорой, сам подвергся заражению. Его дни сочтены, а задача далеко не выполнена. Пророк решил передать свой костюм другому бойцу, чтобы тот мог закончить его дело, найдя Гулда и вместе с ним разработав метод борьбы со спорой. Чтобы разорвать симбиотическую связь с костюмом, Пророк застрелился.
С Алькатрасом связывается Гулд, принимая его за Пророка. Принимают его за Пророка и бойцы CELL, которые пытаются его убить в отместку за своих товарищей. В городе много заражённых спорами.
Алькатрас становится свидетелем крушения десантного корабля цефов, и по просьбе Гулда отправляется за образцами инопланетной ткани, которая нужна для исследования методов борьбы со спорой. Пробравшись внутрь корабля, Алькатрас сканирует биомассу. Сканирование обнаруживает, что это расплавленная человеческая плоть, превратившаяся в биомассу - вот во что в конечном итоге превращаются подвергшиеся заражению люди.
При выходе из корабля на Алькатраса нападает боец цефов. Убив его, Алькатрас берёт образец его ткани.
Костюм начинает ассимилировать ткань. Алькатрас пробирается к убежищу Гулда, по пути став свидетелем конфликта между полевым командиром CELL, Домиником Локхартом, и военным советником - лейтенантом Тарой Стриклэнд, которая работает лично на Харгрива. Харгрив приказал взять Пророка живым вместе с костюмом, но Локхарт движим стремлением отомстить Пророку за смерть своих людей, игнорируя приказы Харгрива. Также он является ярым противником технологии нанокостюма, которая слишком дорого обходится носителям, и долгое время пытается убедить совет директоров свернуть эту программу.
Алькатрасу остаётся пробиваться к убежищу Гулда с боем. После того, как он добирается до квартиры, Гулд понимает, что перед ним - не Пророк. Он рассказывает Алькатрасу о том, что Пророк раньше работал на Харгрива и получил нанокостюм именно от него, но потом разругался с ним и решил действовать в одиночку, украв у Харгрива усовершенствованный нанокостюм версии 2.0. Собственно, Гулд также разорвал связи с Харгривом, и они с Пророком принялись совместно искать способ победить спору. Нанокостюм способен ассимилировать клетки и перестраивать сам себя. Гулд уверен, что он может стать ключом к победе над спорой, выработав антитела. Нужно провести глубокое сканирование костюма, для чего Гулд решает использовать центр нанодиагностики на Уолл-стрит.
Убежище Гулда атакуют бойцы CELL. Алькатрас отвлекает их, после чего вместе с Гулдом проникает в центр диагностики и проводит глубокое сканирование. Сканирование показывает в организме Алькатраса наличие множественных повреждений, несовместимых с жизнью. Костюм срастается с тканью и берёт на себя поддержание основных функций организма, не давая бойцу погибнуть.
Когда начинается сканирование глубоких слоёв костюма, он начинает перегружать аппаратуру, которой не хватает вычислительной мощности. В этот момент в центр диагностики вторгается отряд CELL под командованием Локхарта, а также Тара Стриклэнд. Локхарт уже собирается пристрелить Алькатраса, костюм которого во время сканирования был обесточен, но под давлением Тары приказывает доставить его в "Призму", штаб-квартиру Харгрива на острове Рузвельта. Гулд тоже захвачен.
Как только вертолёт с Алькатрасом взлетает, из земли вылезает копьё, распыляющее усовершенствованную версию споры, убивающую людей мгновенно. Бойцы CELL погибают, а Алькатрас остаётся жив благодаря защите костюма, но у того при попытке адаптировать споры происходит сбой.
Когда Алькатрас приходит в себя, с ним связывается Харгрив, который дистанционно перезагружает костюм, приводя его системы и функции в норму. Харгрив тоже считает, что костюм является ключом к победе над спорой, и направляет Алькатраса к одному из копий. Алькатрас вновь пытается ассимилировать спору, но терпит неудачу.
Тем временем, авиация США наносит удар по городской дамбе, надеясь затопить изначально морских обитателей, м-да. Алькатраса смывает образовавшейся волной.
Придя в себя в Мэдисон-сквер, Алькатрас объединяется с силами морской пехоты, которые действуют под командованием полковника Шермана Баркли. Алькатрас помогает им в борьбе против сил цефов. Харгрив направляет его в здание корпорации "Харгрив-Раш", чтобы установить в нанокостюм агент-стабилизатор и наконец успешно провести ассимиляцию споры.
Процесс установки прерывают бойцы CELL. Локхарт в открытую идёт против Харгрива, настроив против него совет директоров. Он становится для Харгрива реальной угрозой.
Потерпев неудачу с установкой стабилизатора, Алькатрас помогает силам морской пехоты с эвакуацией гражданского населения, которое свозят к центральному вокзалу для последующего вывоза на поездах. Когда Баркли вызывает Алькатраса на вокзал, он встречает там Нейтана Гулда, который утверждает, что сбежал от Тары Стриклэнд. Баркли уверен, что если Гулду удалось уйти от Тары, она сама этого захотела. Полковник отправляет Гулда в эвакуационный поезд и рассказывает, что Тара сломалась после гибели её отца на Лингшане, пристрастившись к алкоголю и наркотикам, вследствие чего была с позором отстранена из рядов "морских котиков".
Под конец эвакуации вылезает ещё одно споровое копьё. Алькатрас вновь выполняет ассимиляцию споры, и на этот раз костюм справляется. Выработав антитела с задействованием образцов ткани пришельцев, костюм меняет структуру споры, делая её оружием против самих цефов и безопасной для людей. Вследствие чего пришельцы в зоне действия копья погибают, и это доказывает эффективность метода.
Алькатраса забрасывают на остров Рузвельта, чтобы эвакуировать Харгрива. Его уже ждут силы CELL во главе с Локхартом, который хочет убить и его, и Харгрива. В личном столкновении Алькатрас отправляет в мир иной самого Локхарта, после чего отправляется в "Призму".
Где попадает в ловушку самого Харгрива, который хочет снять с бойца костюм и надеть его на себя. Харгрив уверен, что он, со своими познаниями, справится с задачей по борьбе с цефами лучше какого-то там солдафона.
Нанокостюм, сросшийся с Алькатрасом, активно сопротивляется процедуре. Алькатрас получает доступ к новым воспоминаниям Пророка. Из них следует, что Харгрив изначально использовал группу "Хищник" для того, чтобы испытать эффективность нанокостюмов в борьбе против пришельцев. И прекрасно знал, что костюмы вступят с бойцами в симбиоз. Именно тогда, осознав, что его снова использовали, Пророк и решил разорвать с ним связи.
Настали бы для Алькатраса тёмные экзекуционные времена, если бы не та самая Тара Стриклэнд, которая оказывается агентом ЦРУ под прикрытием. Она специально разыграла спектакль с грехопадением и позорной отставкой, чтобы завоевать доверие Харгрива и подобраться как можно ближе к нему. Она считает Харгрива виновником бойни на Лингшане, в которой погиб её отец.
Алькатрас отправляется в личный кабинет Харгрива, где обнаруживает, что его тело подключено к сложной и громоздкой системе жизнеобеспечения.
Харгрив рассказывает о том, как впервые узнал о пришельцах. В 1919 году он и его будущий партнёр, Карл Раш, организовали научную экспедицию на место падения Тунгусского метеорита, и собрали там инопланетные технологии. Так была создана корпорация "Харгрив-Раш Биомедикал", дочернее подразделение которой, "CryNet Systems", занималось разработкой нанокостюма. Харгрив преследовал цель выработать эффективное оружие против пришельцев. Также он мечтал сам надеть костюм, чтобы вернуть силу своему немощному телу. Карл Раш отказался продлевать свою жизнь с помощью технологий цефов, Пророк, на которого Харгрив возлагал большие надежды, тоже мёртв. Остаётся только Алькатрас, который должен закончить начатое. Харгрив отдаёт ему часть тунгусского материала, который должен завершить доработку костюма до эффективного против цефов биологического оружия.
Новая часть воспоминаний Пророка свидетельствует о том, что цефы давно уже расположили свои ульи по всей планете. В частности, они были под Нью-Йорком, и только ждали момента для вторжения. На протяжении трёх лет Пророк обнаруживал их зарытые под землёй корабли.
"Призму" атакуют цефы. Харгрив запускает процесс самоуничтожения комплекса, чтобы его технологии не достались пришельцам, и аннулирует все контракты "CELL", приказывая им эвакуироваться и заодно оказать всю необходимую помощь Алькатрасу. Алькатрас убегает по мосту Рузвельта, и в этот момент "Призма" взрывается, уничтожая штаб-квартиру и убивая Харгрива.
Выбравшись на берег, Алькатрас объединяется с отрядом морпехов, захвативших технику CELL, которыми командует Тара Стриклэнд, и также оказавшимся среди них Нейтаном Гулдом.
Они направляются к центральному парку, где, по мнению Пророка, находится источник спор. С ними связывается полковник Баркли и сообщает, что министерство обороны планирует нанести по Манхэттену тактический ядерный удар, и у команды мечты очень мало времени, чтобы показать результаты, которые переубедят штабных гениев это делать.
На пути к парку они сталкиваются с крупными силами цефов, и Алькатрас оказывается отрезан от остальных.
Он пробирается к парку в одиночку. В это время парк поднимается в воздух в виде лито-корабля, с которого цефам будет удобнее распылять споры на как можно большую территорию.
Алькатраса высаживают на край лито-корабля, и он добирается до главного распределителя споры.
Его встречает биологическая система защиты, но Алькатрасу удаётся добраться до канала и прыгнуть в него.
Костюм перепрофилирует спору и распыляет её, уничтожая всех пришельцев в Нью-Йорке.
Спустя несколько дней Алькатрас пробуждается, и с ним на связь выходит считавшийся мёртвым Карл Раш. Однако файл личности Алькатраса в момент прыжка в распределитель споры оказался существенно повреждён и отправлен на консервацию в глубокие слои костюма. Контроль над его телом захватывает оцифрованный ИИ костюма разум Пророка.
Вскоре цефы начинают вторжение в других точках земного шара, а Пророка начинают посещать видения с предводителем пришельцев - альфа-цефом, которого нужно уничтожить для окончательной победы над ними. Пророк собирает отряд из бойцов в нанокостюмах (включая своего бывшего сослуживца - Психа), и вместе они отправляются на поиски альфа-цефа по всему миру, по пути уничтожая базы инопланетян и убивая их изменённой спорой. Существование альфа-цефа не подтверждено ничем, кроме видений Пророка. Один за другим бойцы отряда начинают отдаляться от него и покидать отряд, пока, в конце концов, с ним не остаётся только Псих.
Поиски заканчиваются тем, что в 2025 году CELL захватывают Пророка и Психа в Сибири. Пророка погружают в длительный стазис, проводя на нём различные опыты.
CELL становится самостоятельной корпорацией, подчиняющейся совету директоров. Ослабление мировых правительств играет им на руку. Присвоив победу над цефами себе, CELL устанавливают фактический контроль над миром. Они строят нанокуполы над очагами вторжения цефов, включая Купол Свободы над Нью-Йорком.
Карла Раша вынуждают покинуть пост главы "Харгрив-Раш". Перед тем, как уйти, он удаляет данные о технологии и исследованиях нанокостюмов, а также выпускает в открытый доступ обращение, в котором рассказывает всю правду о цефах, основании компании, интригах CELL и Пророке. Раш организовывает Сопротивление под Куполом Свободы, проводящее диверсионные операции против CELL. Полевым командиром повстанцев в итоге становится женщина по имени Клэр Фонтанелли, ранее работавшая на CELL по системе отработки долгов. В 2045 году повстанцы освобождают Психа из заключения CELL, и он присоединяется к ним.
В 2047 году отряд повстанцев под руководством Психа освобождает Пророка.
Псих рассказывает ему, насколько изменился мир. CELL установили монополию на энергию, которую генерировали бесплатно, чем устранили с рынка всех конкурентов. После этого они резко ввели тарифы на энергию, которые становились всё больше и больше. Поскольку у людей не было средств оплачивать гигантские тарифы, CELL ввели систему отработки долгов, по которой человек попадал фактически в пожизненное рабство. Также CELL, лишившиеся данных о разработках Харгрива и Раша, отлавливали всех бойцов в нанокостюмах и подвергали их болезненному процессу извлечения, срезая сросшиеся с ними костюмы с их тел, в процессе чего большинство погибали. Псих оказался одним из тех, кого подвергли извлечению, и одним из немногих, кому удалось это пережить. Теперь Пророк остаётся единственным носителем нанокостюма в мире.
Остатки цефов, лишённые коллективного разума, дезорганизованы. Одичав, они "откатились назад в развитии", неспособны на сложные тактические манёвры и используют примитивные орудия.
Пророк и Псих добираются до убежища повстанцев, встречаясь с Клэр и Рашем. Пророк обнаруживает, что его костюм не может просканировать Раша.
Повстанцы хотят уничтожить источник энергии CELL, чтобы лишить их монополии. Пророк помогает им в сей благородной миссии.
Правда, выясняется, что источником энергии был никто иной, как альфа-цеф. Из-за действий Пророка он пробуждается и вновь начинает собирать разрозненные силы цефов в единую армию.
Пророк решает проникнуть в коллективный разум цефов, чтобы найти их слабое место. Для этого ему нужно снять установленную в костюм блокировку, которая всё это время мешала коллективному разуму поглотить его, несмотря на то, что в его организм давно проникла ДНК пришельцев. Псих предлагает использовать лабораторию CELL, в которой его некогда подвергли извлечению.
После снятия блокировки Псих находит в файловой системе видеозапись, свидетельствующую о том, что его извлечением из костюма руководила Клэр. Попав с систему отработки долгов, она работала в центре извлечения. В конечном счёте чувство вины привело к тому, что она решила присоединиться к повстанцам и стала особо сильно заботиться о Психе, которому некогда причинила столько боли.
Узнав правду, Псих, кхм, психует, и исчезает в неизвестном направлении. Тем временем Клэр узнаёт о проекте CELL под кодовым названием "Восход алой звезды" - если другим способом подавить инопланетную угрозу не удаётся, в ход идёт орбитальная система массового уничтожения "Архангел", мощности которой достаточно для уничтожения целого города, такого, как Нью-Йорк. Однако в данном случае энергия "Архангела" может вступить в резонанс с энергией альфа-цефа и уничтожить всю Землю, о чём CELL не знают.
Пророк и повстанцы решают предотвратить ВАЗ, пробиваясь в центр управления системой. Клэр сообщает, что не выходивший ранее на связь Раш вернулся, но у него провалы в памяти. Возвращается Псих, захвативший транспортник. Все вместе они проникают в центр управления и успевают отключить "Архангел", который отрабатывает по Нью-Йорку только 5% своей мощности.
Сразу же после этого альфа-цеф, которому больше не угрожает "Архангел", открывает портал в галактику М33, откуда на Землю прибывает колонизационный корабль цефов, находящихся на более высокой стадии эволюции. Им не составит особого труда очистить планету от населения.
Карл Раш всё это время находился под ментальным контролем альфа-цефа. Подобно Харгриву, он продлил свою жизнь с помощью инопланетных технологии, введя в себя ДНК пришельцев. Раш пытался, подобно Пророку, сражаться с коллективным разумом, но проиграл.
Подконтрольный альфа-цефу, Раш атакует свою команду. Клэр поражена высоковольтным разрядом, заслоняя собой Психа.
Пророку удаётся вывести Раша из-под контроля, после чего тот жертвует собой, давая команде шанс спастись, пока его убивает альфа-цеф.
Команде удаётся уйти от цефов и приземлиться на повреждённом транспортнике. Клэр умирает. Псих закатывает мужскую истерику, которую Пророк пресекает мужским способом. После этого они подавляют артиллерию цефов, подбираясь всё ближе к порталу. Тот расширяется, и Пророк проваливается, оказываясь под площадью Колумба.
Он становится всё сильнее, сливаясь с коллективным разумом альфа-цефов. В конце концов, столкнувшись с самим предводителем пришельцев, Пророк доказывает, что он - альфее, и убивает каракатицу.
Однако Пророка засасывает в портал и выбрасывает на околоземную орбиту, где из портала выходит гигантский космический корабль цефов. По счастливому стечению обстоятельств прямо рядом проплывает "Архангел". Пророк использует орбитальную систему, аннигилируя корабль захватчиков и заодно уничтожая портал.
Пророк падает на поверхность Земли, выживая благодаря нанокостюму. Тот вновь эволюционирует. В соответствии с самоидентификацией сознания Пророка, костюм принимает внешнюю форму тела Лоуренса Барнса, и его ИИ окончательно ассоциирует себя с этим человеком.
Правительство США захватывает активы CELL в рамках глобальной программы по восстановлению, и корпорация теряет своё мировое господство.
Кроме того, Псих, желая отомстить за себя и других бойцов в нанокостюмах, подвергшихся извлечению, устраивает засаду и захватывает совет директоров, чтобы поговорить с ними по душам...
Другие статьи о Crysis (психоразбор персонажей):