Бесплатная программа Chromosome Analysis Suite (ChAS) скачивается с сайта ThermoFS и может быть использована при работе с любыми приложениями, рассчитанными на GeneChip Scanner 3000.
Если включены несколько образцов, рядом с каждой хромосомой появляется несколько линий. С помощью цвета программа отображает, с каким образцом мы имеем дело: есть общая схема всех хромосом, которые присутствуют у человека, а отдельным цветом программа выделяет варианты, которые были найдены.
Синий цвет обозначает, что в этом месте отмечено увеличение копийности данной части хромосомы.
Красная маркировка и стрелочка вниз означала бы, что произошла потеря.
Помимо общего экрана, можно посмотреть, что и на какой позиции находится: это отображается в виде общей табличной информации.
Например, для рассматриваемого образца было найдено несколько изменений: в частности, изменения на 12-й хромосоме в таком-то положении с такими-то размерами – это все можно увидеть.
Важность и интерес представляет то, что можно сразу установить, представлены ли какие-то данные, связанные с этими найденными в образце нарушениями, в базах данных. Эти базы приведены сверху: использовать можно любую из них. Так, можно сравнить размеры полученных нами делеций или вставок с тем, что уже известно и описано в базах данных.
Интерфейс программы очень простой и интуитивно понятный, что делает работу с ней весьма удобной.
Например, сейчас открыт образец, у которого была очень маленькая инсерция – вставка на хромосоме 14. Можно увеличить этот участок и посмотреть о нем подробную информацию.
Полная версия этой части вебинара - на сайте
