Летом 1499 года весь Самарканд был поднят по тревоге. Надсадно ревели сигнальные трубы-карнаи, гвардия султана спешно выстраивалась у его дворца, наспех вооружённые горожане занимали отведённые им для обороны участки стен. Отовсюду с ужасом доносилось: "Узбеки! Узбеки идут!". К вечеру Самарканд был уже в полной осаде, кочевые узбеки под предводительством хана Муххаммеда Шейбани начали его штурм. Казалось, ещё немного, и Самарканд падёт к ногам завоевателей, но тут к городу, наконец, подошла помощь из Бухары, только радовались ей самаркандцы недолго, Муххаммед Шейбани развернул свою армию, разбил подкрепление из Бухары и обложил её осадой, закончившейся через 3 дня сдачей без боя, после чего вновь подошёл к Самарканду и на этот раз взял его штурмом. Так началась и поныне продолжающаяся эпоха доминирования в Средней Азии народа, известного под именем узбеков.
Своему возникновению узбекский народ обязан монгольскому завоеванию Средней Азии 1216-1224 годов, когда масса тюркских беженцев ушла в Улус Джучи, занимавший земли современного Казахстана, но к середине XIV века распался и он, началась гражданская война ("Великая замятня"), в которой тюрки Казахстана оказались по разные стороны баррикад, только в 1428 году тюрок, проживавших в междуречье Иртыша и Урала, называемых узбеками (от словосочетания "уз" - "сам" и "бек" - "господин", т. е "независимый народ"), объединил под своей властью потомок Чингисхана Абулхаир, ставший первым правителем Узбекского ханства, включавшим в себя значительную часть земель современного Казахстана. 40 лет он железной рукой правил своим ханством, но после его смерти в 1468 году его многочисленные потомки передрались между собой и в итоге власть на большей территории Узбекского ханства захватили казахи во главе с дальними родственниками Абулхаира Джанибеком и Гиреем.
Казалось, узбекский народ навсегда исчез с исторической сцены, но тут появился внук Абулхаира Мухаммед Шейбани, поднявший оставшихся узбеков на борьбу с казахами и Тимуридами, но война с казахами оказалась безрезультатной и тогда узбеки повернули на юг, в Среднюю Азию, где большая часть населения была настроенна против Тимуридов, ничего более не умевших, как развлекаться и драть по 10 шкур с простого народа. Завоевание Средней Азии для Мухаммеда Шейбани прошло легко, в 1507 году последний Тимурид бежал в Турцию.
Встав у власти, Мухаммед Шейбани принялся за внутреннюю политику своего государства, за краткое время приведя в порядок все то, что разрушили Тимуриды, но на этом пути у него возник мощные противники в лице казахов (под этим словом теперь подразумевалось население бывшего Узбекского ханства) и персов, и если первых Шейбани смог с легкостью разбить, то вторые разбили уже его под Мервом в 1510 году и завоевали Среднюю Азию, но через 2 года их изгнали отсюда восставшие узбеки (теперь этим словом называли тюрок Мавераннахра и Хорезма).
Вернувшиеся к власти преемники Шейбани не смогли удержать отвоеванное ими государство, уже в первой половине XVI века начались междоусобицы, окончившияся созданием узбекским племенем мангытов собственного государства в Бухаре и куннартов - в Хиве, чуть позже узбеки из племени мингов создали Кокандское ханство и в таком состоянии Средняя Азия в 1850-х годах встретила русских солдат.