На дворе 2025 год, в кадр попадает звонок сенатору. Женский голос в трубке рассказывает о проблемах с "Источником": "Бунт. Феттел перехватил управления прототипами". "Армахем Технолоджи" разрабатывала военную программу, где армия солдат-клонов подчиняются командиру, который управляет ими с помощью телепатии. Благодаря своим способностям, Пакстон Феттел берет под контроль один из батальонов солдат-клонов.
Для остановки вооруженного конфликта достаточно ликвидировать командира, чтобы обезопасить клонов под его управлением. Также не составит труда найти Феттела: в его голове есть датчик, который отслеживает его местоположение. Защиты у Феттела тоже нет, ведь одно из условий программы - безопасность командира, он не должен участвовать в боях, а только управлять армией на удаленном расстоянии. Главный герой игры - новый оперативник "F.E.A.R".
В начале пути героя, который ничего не помнит о своем прошлом, уже настигают странные вещи: появляются галлюцинации и видения, перед глазами всплывают чьи-то воспоминания. При первой встречи с Феттелом становится ясно, что воспоминания телепатировал он, только никто не знает чьи. После этого Феттел скрывается и оперативник вместе с элитным отрядом "Дельта SFOD-D" отправляются в порт, где был обнаружен сигнал датчика Феттела. По пути, когда оперативник отвлекся по своим делам, на отряд внезапно нападает какая-то неведомая тварь. Когда герой вернулся на место, то обнаружил только скелеты и лужи крови. Позже выясняется, что другая похожая группа под командованием Спенсера Янковски погибла таким же образом. Останки самого командира обнаружить не удалось, а датчик периодически мелькает вблизи от оперативника и Феттела. Призрак Спенсера часто является к одному из бывших напарников и разговаривает с ним.
Сигнал Феттела был замечен в порту, но позднее пропал. Координатору "F.E.A.R" сообщают о разведгруппе, которая пропала в офисе "Армахема". Герой попадает в офис с группой бюойцов и собирает информацию о секретных проектах корпорации. На пути герой вызволяет из заложников Элис Уэйд - дочь ученой Харлана Уэйда, который проводил эксперимент с армией клонов. Позднее узнается, что программист Нортон Мэйпс пытается уничтожить все доказательства экспериментов, однако, по уцелевшим остаткам информации узнается об участии девочки Альмы, которая обладает экстрасенсорными способностями. Ученым нужен был ребенок от Альмы, а не сама она. По информации с ноутбуков, стало известно, что первый ребенок оказался без каких либо способностей, но второй, Пакстон Феттел, получился удачным. Мать и сыновей разлучили. Девушку поместили в Саркофаг и держали там десяток лет. Однако, спустя время ученый Харлан открыл Саркофаг, чтобы освободить Альму. Но как только девушка вышла на свободу, она сразу же убила ученого и призвала странных тварей из потустороннего мира.
Оперативник находит Феттела, который пожирает Элис и переносится в потусторонний мир, в котором говорит о том, что они рождены одной матерью. Позже Феттел предстает перед героем сидящим в той комнате, где в самом начале игры Альма подчиняет его себе, и смотрит на брата, который убивает его. Клоны перестают сопротивляться, но Альма все еще на свободе и для того, чтобы избавиться от девочки, нужно уничтожить "Саркофаг". Альма нападает на героя в последний раз. Она довольно мирно обходится с ним, если сравнивать с теми, кого она превратила в фарш. После повреждения реактора происходит сильнейший взрыв от которого надо бежать.
Отбиваясь от роя призраков, которых призвала Альма, оперативник выбирается из "Саркофага", где сталкивается с Альмой. ее слова пробуждают новое видение: ребенок впервые открывает глаза и видит доктора, в котором узнаются черты Харлана Уэйда. На фоне слышны крики матери "Верните мне сына!", а Уэйд произносит фразу "Ты станешь богом", а затем "Верните ее в "Саркофаг". Эти видения оказались собственным воспоминанием героя, доказывающие то, что оперативник - это первый прототип без способностей. Альма, осознав это, оставляет его в живых. Выбравшись наружу, герой выживает при взрыве, не получив ранений. Его подбирает вертолет. Во время полета, вертолет начинает трясти и происходит отключение двигателя. Внезапно на борту появляется Альма. На этом игра заканчивается.