F.E.A.R. расшифровывается как First Encounter Assault Recon и переводится как Федеральная Единица Агрессивного Реагирования. Это секретное подразделение, которое США ввели в 2002 в состав Вооруженных сил для борьбы с паранормальщиной. Главный герой - новый оперативник этого подразделения, вызванный для своего первого боевого задания.
На протяжении всей игры из прослушанных сообщений координатора и телефонных разговоров игрок узнает подробности событий, связанные с самим сюжетом игры. В бонусном видео режиссерской версии игры продемонстрировано начало исследований над дочкой Харлана Уэйда - Альмы Уэйд. Ей 8 лет и она обладает паранормальными способностями. Негативное воздействие на ученых дало знать о себе и объект исследования было решено перевезти в исследовательскую лабораторию "Саркофаг", которая расположена в бункере под заводом "Реммельмайер". Исследования девочки продолжались, пока Харлан не додумался искусственно оплодотворить Альму, использовав ее ДНК, дабы создать менее опасного телепата для экспериментов.
В 15 лет Альма родила первый прототип, который оказался без телепатических способностей. Через год родился второй прототип, которого назвали Пакстон Феттел. У Альмы отобрали детей, даже не дав подержать на руках и отправили в "Саркофаг". Руководство испугалось того, что разъяренная мать может начать мстить и решило избавиться от нее, утопив ее внутри установки. Из-за способностей она умирала 6 дней.
Когда Феттелу было десять, он взбесился после телепатической "синхронизации" с матерью и убил нескольких работников. После этого происшествия руководство решает закрыть доступ к "Саркофагу" и ставит защиту мощными электромагнитными полями от телепатии Альмы, а Феттела помещают под стражу. Тем временем, в городе Оберне, где находится лаборатория, у населения резко начало ухудшаться здоровье и внезапно испортилась питьевая вода.
Секретные работы по проекту "Источник" продолжились аж 25 лет. Женевьева Аристид, президент "Армахем Технолоджи", игнорирует предупреждения от профессионалов и Харлана Уэйда и отправляет отряд ученых в секретный бункер, чтобы вскрыть "Саркофаг". Но, отряд внезапно умирает по непонятным и причинам, а вышедшая из строя система камер видеонаблюдения никак не может показать этого. В этот момент Феттел, снова попав под телепатию своей матери, сбегает из камеры и берет к себе под контроль армию солдат-клонов. Тут и начинается развитие сюжета игры. О сюжете и продолжении серии поговорим в следующих статьях)