Оперативник "F.E.A.R", который из первой части, был захвачен "Армахем Технолоджи" после крушения вертолета UH-60 Black Hawk и отвезен в Бразилию в тюрьму. Пакстон Феттел, брат оперативника, теперь бесплотный дух, которого видит оперативник, подходит к камере, в которой соладты избивают героя, пытаясь узнать где находится Джин Сун-Квон. Феттел, используя свои способности теперь уже призрака, вселяется в одного из солдат и сворачивает другому из солдат шею. Оперативник освобождает себя и перерезает горло оставшемуся противнику, в котором сидит Феттел. Герой слышит по рации одного из убитых сигнал о помощи от Джин Сун-Квон и начинает прорываться наружу через отряды "Армахем". Выбравшись, оперативник успевает запрыгнуть в один из вертолетов "Армахем", который начинает улетать. В вертолете он видит брата. Затем герой убивает экипаж и перехватывает управление вертолетом.
Из-за волн неопределенного излучения, вертолет падает прямо на гипермаркет на окраинах Фэйрпорта. Проходя сквозь магазин, герой встречается с сумасшедшими жителями города - культистами. Эти зомбированные люди пытаются избавиться от всех, кто мешает им "слушать Альму", как выразился Феттел. В конечном итоге оперативник добирается до Джин и она показывает ему запись с камер наблюдения из телестезического усилителя на Стилл-Айленд. Внутри усилителя находится Майкл Беккет, герой второй части и сержант отряда "Дельта", который после физического контакта с Альмой находится в состоянии бреда. Становится ясно, что волны непонятного излучения это предродовые схватки Альмы. Братья вместе решают найти Беккета, чтобы остановить роды. По пути Джин посещают зомби и новое землетрясение не дает герою спасти ее. Но Джин удается самой сбежать, но ее тут же хватает в плен Сьерра 8.1, самый амбициозный "фазовый командир", подмечая то, что оперативник за ней придет, ведь она ему как родня. Феттел пытается отговорить брата, но тот все равно идет на помощь к Джин. Уже около башни Оперативник и Сьерра встречаются в бою, где первый одерживает победу. Неожиданно, появляется и нападает второй фазовый командир и снова Оперативник выходит победителем из боя. Вместе с Джин герой побежал к шатлам. Одно из землетрясений повредило конструкцию башни и она начала падать на оперативника. В этот раз Феттел помог и оттолкнул брата при помощи телекинеза.
Уже в воздухе Феттел убеждал брата в том, что они не враги и что у них одна цель. В этот момент Джин выходит на рацию и сообщает, что Альма высасывает энергию с шатлов. Шатл терпит крушение на железнодорожном мосту. Оперативник снова вступает в бой с остатками солдат "Армахема" и Реплики. Одержав победу, Оперативник сталкивается с черными тварями, похожими на оборотней, которых выпустила Альма. Добравшись до берега, братья наблюдают картину, как солдаты воюют с черными оборотнями. Встретив охрану АТС, Оперативник прорвался к Беккету, который находился в камере похожей на КТП. Заметив оперативника, тот пришел в ярость. В этот миг Феттел вселяется в Беккета и, копаясь в его воспоминаниях, узнает почему Альма выбрала его. Устав от сопротивления, Беккет взрывается под воздействием Феттела. Братья направляются в особняк, в котором родились, чтобы покончить с воспоминаниями, но там их встречает призрак Харлана Уэйда в облике Первичного. Оперативник, отбиваясь от монстра, уничтожает свои воспоминания по кусочкам, а затем убивает самого Уэйда. Феттел встречаются с матерью и ждут, кого выберут в качестве любимчика. Сидя на кроватях, в комнате в которой они росли, герои слышат крик Альмы, который говорит о том, что пора идти. Оперативник идет за своим братом и видит рожающую Альму. Феттел рассказывает ему, что нужно съесть тело, чтобы получить бессмертие, на что получает отказ. Оперативни наводит пистолет на живот Альмы. Брат пытается его переубедить, но оперативник как обычно, его не слушается. И тут случается одна из концовок:
Победа оперативника - Феттел нападает на героя, но оперативник успевает выстрелить ему в голову, и Феттел растворяется со словами "До этого можно было не доводить, брат. Мы могли бы стать богами". Далее оперативник подходит к Альме и берет младенца на руки. В этот момент Альма растворяется. Прижав к груди младенца, оперативник уходит. На связь выходит Джин и сообщает о том, что герой всех спас.
Победа Феттела - Феттел вселяется в брата, поглощая его личность и сознание, став с ним единым целым. Спустя время он просыпается со словами "До этого можно было не доводить, брат" и подходит к Альме. Достав из ее чрева младенца и просит Альму не бояться, так как он уже давно все спланировал. После этих слов Феттел разрывает Альму на куски и пожирает.