Российский режиссер Никита Михалков сравнил работу Ельцин центра с деятельностью главного редактора радиостанции «Эхо Москвы» Алексея Венедиктова.
«Почему Венедиктов объявлен иноагентом, а Ельцин Центр — нет? Разве Ельцин Центр наносит меньший вред, чем наносило „Эхо Москвы“? Мало того, что Ельцин Центр не является иноагентом, в Москве уже 13 лет строится филиал центра», — заявил Михалков на youtube-канале «Бесогон ТВ». Он посчитал, что музей должна постигнуть та же участь, что и Венедиктова.
Пресс-секретарь президента РФ Дмитрий Песков, отвечая на вопрос URA.RU отметил, что "в законе есть определенные критерии иноагента, и наш Минюст ими руководствуется. Не могу точно сказать, как президент относится к Ельцин Центру. Владимир Путин посещал его в свое время. Но впоследствии действительно некоторые эпизоды, связанные с работой центра, вызывали широкие споры и дискуссии в обществе. Дальше следует руководствоваться законом — когда и кого объявлять иноагентом», — отметил Песков.