Её построили в 1926 году по частному заказу. Судно было выполнено из тика и красного дерева, длина — 31,7 м. Затем яхту передали президенту нефтяной компании Sequoia Oil Company.
В 1931 году судно приобрело Министерство торговли США для патрулирования во времена Сухого закона. А в 1932 «Секвойя» перешла к президенту Герберту Гуверу. Он любил ходить на ней на рыбалку и во Флориду. Гувер даже поместил фото яхты на рождественскую открытку от Белого дома, но во время Великой депрессии многие посчитали это неуместным.
По легенде именно на этой яхте Гарри Трумэн принял решение сбросить атомную бомбу на Хиросиму. У этого факта нет подтверждений.
На яхте Трумэн сигарой оставил дырку в столе — была напряженная игра в покер.
На этой яхте Дуайт Эйзенхауэр принимал на яхте Елизавету II, а Джон Кеннеди проводил важные совещания во времена Карибского кризиса.
Больше всех «Секвойю» любил Ричард Никсон. В 1973 году он проводил на яхте встречу с Леонидом Брежневым, где они обсуждали соглашение об ограничении стратегических вооружений.
9 августа 1974 года, перед своей отставкой, Никсон взял виски и сыграл на пианино «Боже, благослови Америку».
Президенты часто меняли интерьер яхты под себя. Например, Рузвельт сделал лифт, чтобы удобно было подниматься в инвалидном кресле. А Линдон Джонсон позже попросил убрать лифт, заменив его баром, а также из-за своего высокого роста, он попросил углубить пол в душевой. Кеннеди же увеличил кровать и сделал в спальне люк для передачи документов.
В 1977 году Джимми Картер решил, что тратиться на обслуживание яхты — слишком дорого. В год на ее содержание уходило 800 000 $. Картер распорядился выставить «Секвойю» на аукцион. Покупатель отдал за судно очень скромную сумму — 286, 000 $. Яхту стали использовать в туристических и развлекательных целях. Туристы отдавали 10 тысяч долларов за четырехчасовую поездку по реке Потомак.
В 2016 году яхту продали за долги после длительных судебных разбирательств. К тому времени выяснилось, что судно находится в плачевном состоянии: весь корпус прогнил, а яхту населяют еноты.
Сейчас яхту ремонтируют, после чего новые владельцы думают превратить «Секвойю» в исторический музей.