Сюжет Stalker Online разворачивается спустя некоторое время на АЭС в Чернобыле после катастрофы. В уже зарегистрированных аномальных зонах по всему миру начали происходить непонятные и пугающие события. Такие места стали называть Зонами. Позже в Зонах начали находить необычные предметы — артефакты. За артефактами началась настоящая охота, а отчаянных людей, которые рвались в Зону, стали называть Сталкерами.
В СТАЛКЕР Онлайн игрок управляет одним из таких Сталкеров, и бродит по мрачному миру Зоны в поисках артефактов, но приходится сражается с мутантами и другими игроками, а также торгует найденными вещами, потихоньку прокачивая и улучшая характеристики своего мега-героя.
Сталкеры могут объединяться в группировки и получать новые возможности, недоступные обычным игрокам, а также создавать целые базы и защитные построения.