В 1981 году у Ш.Х. Чанбарисова эстафету руководства университетом принял Р. Н. Гимаев — советский и российский ученый, проработавший в должности ректора до 1999 года.
За этот период были открыты новые специальности: «Экономика», «Геология», «Социальная работа», «Журналистика», «Волоконно-оптическая связь» и др. Начали функционировать 3 филиала — в Сибае, Стерлитамаке и Нефтекамске. Построено 2 жилых дома в Уфе для 146 преподавателей и сотрудников университета. БашГУ были переданы 2 больших корпуса (корпуса бывшего Уфимского завода телефонной аппаратуры, а также здание на ул. Мингажева, где сегодня располагается инженерный факультет).
Демократизация российского общества и становление правового государства стали основой для подготовки в университете экономистов, социологов, психологов, управленцев. В 1988 году в университете создается экономический факультет, в открытие и дальнейшее становление которого весомый вклад внесла кафедра общей экономической теории.
В советский период преподавание философии велось в формате диалектического и исторического материализма, однако и в то время философам было присуще свободомыслие. В качестве самостоятельного подразделения факультет философии и социологии был образован в 2000 году, что способствовало оформлению научных школ, направленных на изучение духовной жизни общества и его культуры, становления и функционирования социальных и политических процессов и структур, исследование проблем онтологии, теории познания, методологии и логики.
В 2000 году ректором БашГУ стал М. Х. Харрасов — доктор физико-математических наук, профессор. Значительно улучшена материально-техническая база вуза: лабораторные площади увеличились в полтора раза, были сданы два жилых дома, около 70 семей преподавателей и сотрудников университета улучшили жилищные условия. Получили хорошее развитие филиалы, за это время сдан учебно-лабораторный корпус в Сибае общей площадью 5500 квадратных метров. Проведена основная работа по реконструкции корпусов бывшего Уфимского завода телефонной аппаратуры на улице Карла Маркса, где разместились экономический факультет и факультет психологии. В этом же здании создан Технопарк. Также завершена реконструкция Института права, где построен новый спортзал, а на территории оборудована спортивная площадка для занятий студентов. В целом БашГУ получил базу для обучения по более чем 10 новым специальностям, в полную силу заработали профилакторий и спортивно-оздоровительная база для студентов.