В этой игре, рассказывающей историю первого Саб-Зиро до всех событий первой игры, мы узнали, что Скорпион был ребенком, когда Ханзо Хасаши был жив и был лидером клана Шираи Рю.
В оригинальной истории Саб-Зиро убивает Скорпиона после первых двух боев, и в качестве платы ему Куан Чи убивает всех членов клана Ширей Рю и всю семью Скорпиона. Вскоре после этого Куан Чи вернул душу Скорпиона к жизни и обманул его, сказав, что Саб-Зиро несет ответственность за все эти смерти. Наконец-то мы выяснили причину вечной ссоры между Саб-Зиро и Скорпионом в Mortal Kombat.
Когда Саб-Зиро будет заключен в тюрьму в Преисподней, и, несмотря на то, что он сказал Скорпиону, что не убивал свою семью, он, естественно, не оказывает никакой помощи. В конечном итоге Саб-Зиро удается снова победить Скорпиона и предотвратить злые планы Куан Чи и Шиннока, более заключенных в Преисподней. Райдену предоставляется возможность вернуться к жизни, если он приведет два своих клана Лин Куэй, но Саб-Зиро выбирает лояльность и иссо, и Райден предоставляет ему возможность стать чемпионом в турнире Mortal Kombat, организованном Шанг Цунгом.
В этом турнире Скорпиону наконец удается отомстить и убить Саб-Зиро.