Ко всеобщему удивлению, в Mortal Kombat III не было участия Скорпиона, как и любого другого ниндзя. Игра не была очень популярной и вызвала появление феномена Ultimate Mortal Kombat 3, в котором появилось несколько новых персонажей, в том числе человеческая версия Смоука и красный ниндзя Эрмак. История Скорпиона в Mortal Kombat 3 описывается следующим образом:
«Скорпион случайно освобождается от своего проклятия в аду, когда план Шао Хана по управлению этим царством идет наперекосяк. Свободный бродить по Земле, Скорпион нанят Императором, чтобы помочь ему уничтожить избранных чемпионов».
Несмотря на союз с Шао Ханом в начале игры, Скорпион в конечном итоге дезертирует, когда обнаруживает, что Саб-Зиро также является одним из этих чемпионов, и возвращается в свое царство в аду Преисподней.