В 1831 году в Болонье вспыхнуло восстание против власти Папы Римского. После нескольких дней боев была провозглашена республика. Однако в Папскую область были введены австрийские войска, которые после нескольких дней осады и уличных боев овладели городом. Восстание было жестоко подавлено, но в 1843 и 1844 годах они повторялись снова. Усмиряли их также с помощью австрийских войск.
В 1848 году в ходе войны Пьемонтского королевства и Австрии за объединение Италии австрийцы превентивно ввели войска в Болонью. В городе начались уличные бои, в результате которых было убито несколько сотен горожан, но австрийцы покинули город. На следующий год в Милане началась революция, в результате которой была провозглашена Римская республика. В мае к Болонье стянулись австрийские войска, которые после восьми дней боев заняли её.
1943-1945 года. В июле 1943 года начались налёты авиации союзников на Болонью. Они не прекращались до весны 1945 года. Погибло около 3000 жителей.
7 ноября 1944 года в Болонье произошло сражение между итальянскими партизанами и фашистскими формированиями. С начала 1945 года Болонья находилась практически на линии фронта, но удерживалась германскими войсками.
9 апреля 1945 союзники начали наступление с целью отрезать город от севера Италии. В ходе боёв германские части понесли тяжёлые потери, союзники потеряли до 25 000 человек. 21 апреля итальянские партизаны атаковали Болонью с тыла, после чего немцы прекратили сопротивление.
1980 год. На железнодорожном вокзале 2 августа произошёл самый страшный теракт в истории Италии. Мощная бомба взорвалась в зале ожидания. Погибло 85 человек, более 200 получили ранения. Этот взрыв стал результатом многолетнего противостояния правых радикалов левым группировкам, которое сотрясало Болонью с середины 1970-х до середины 1980-х годов. В перестрелках между собой и с полицией погибло более 1000 человек. Это время получило название «Свинцовые годы».