Сюжет анимационного сериала «Судный день» разворачивается в параллельной реальности, где исторические события, имеющие место в нашем мире, переплетаются (очень гармонично, кстати) с фантастикой. Первого мая 1945 года Берлин превратился в настоящий ад: пока на Рейхстаг победители вывешивали советский флаг, на улицах города все еще происходили кровопролитные бои, ставшие причиной множества массовых убийств.
В это же время несколько офицеров немецкой армии собрались вместе для того, чтобы провести мистический ритуал. С его помощью они попытались возродить Орден тринадцати копий – группу неких сверхлюдей, появление которых предвещает уничтожения мира.
Хотя трупы убитых и выступили в роли жертвоприношения, даже спустя несколько десятков лет никто так и не понял, увенчалась ли затея нацистов успехом или же у них ничего не получилось. О судьбе офицеров, принимавших участие в ритуале, также ничего не известно…
Япония, наши дни. Школьник из города Сувахара по имени Рен Фудзии вот уже два месяца подряд находится в больнице после того, как серьезно подрался со своим товарищем Щироу Юсой. Хотя парень и лежит в лечебном заведении, где его тело потихоньку выздоравливает, разум юноши пребывает в смятении.
Каждую ночь ему снятся странные вещи: убийцы, открывшие настоящую охоту на невинных людей, доблестный рыцарь в черном, пытающийся их поймать, и страшная гильотина. Рен со всех сил хочет стать опять нормальным человеком, но фраза Щироу о том, что в этом городе все оставшиеся однажды сходят с ума, заставляет школьника нервничать и переживать.