В качестве основного вооружения в передней кабине устанавливался пулемет «Виккерс». На некоторых лодках имелось и пушечное вооружение в виде 37-мм пушки «Гочкис», что позволяет считать М-9 первой в мире летающей лодкой с пушечным вооружением. На бомбодержателях под нижним крылом могли подвешиваться бомбы массой 160 кг.
Следует отметить, что с 1915 г. несколько летающих лодок М-9 базировались на русских авиатранспортных кораблях «Орлица», «Александр I» и «Николай I». Они располагались в ангарах по 4–5 машин, для спуска их на воду и подъема использовались лебедки. Первый поход авиатранспорта «Николай I» к берегам Турции состоялся 24 марта 1915 г. Летающие лодки М-9 вели разведку побережья и произвели бомбометание. 27 марта 1915 г. крейсер и авиатранспорт с 5 летающими лодками М-9 на борту совершили поход к Босфору. Самолеты произвели разведку и сбросили бомбы на береговые батареи и миноносец противника. 1–5 мая того же года летающие лодки с авиатранспортов бомбили столицу Турции — Константинополь. В конце кампании 1915 г. в авиаотрядах Русской армии было 322 исправных самолета. В этой кампании русские летчики выполнили 9993 полета, проведя в воздухе 14 647 часов. Авиационные отряды потеряли значительную часть летного состава. При этом 43% летного состава погибло или получило тяжелые ранения в результате отказов материальной части, 22% — из-за ошибок в пилотировании, 33% было сбито зенитной артиллерией и 2% погибло в воздушных боях.