43 год до н.э. Неподалёку от Бононии произошло сражение между войсками республиканца Марка Юния Брута и его противниками – Октавианом Августом, Марком Антонием и Марком Эмилием Лепидом. Республиканцы были разбиты, а после недолгого сопротивления пала и Бонония.
235-304 годы Бонония стала местом столкновений христиан и язычников. Это привело к резкому сокращению населения и разрушению города. В 304 году император Диоклетиан положил конец беспорядкам, устроив против христиан карательные экспедиции и казнив в Бононии несколько тысяч человек.
375-387 годы Бонония как минимум дважды подвергалась разорению, её захватывали поочередно то, императорские войска, то варвары. Однако в 387 году по приказу императора Магна Максима укрепления города были восстановлены и в нём разместили сильный гарнизон.
408 год в Бононии велись переговоры императора Гонория и его полководца, вандала Стилихона, поднявшего восстание. Стилихон был предательски убит, а его гвардия перебита. Это спровоцировало вторжение союзников вандалов – вестготов – под командованием Алариха. С декабря 408-го по февраль 410 года он безуспешно осаждал Бононию, а затем ушёл на юг.
476 год Бононию осадили герульские наёмники Одоакра Город был хорошо укреплен, и с ходу взять его германцы не смогли. Одоакра оставил часть войск осаждать Бононию, а сам направился в столицу империи Равенну и низложил императора Ромула Августа. После этого гарнизон Бононии сложил оружие. С тех пор название города стало звучать современно – Болонья, а контроль над ним перешёл к остготам.