1. Прадед Ходорковского по материнской линии был владельцем завода, который был национализирован после революции.
2. Родители Михаила были инженерами-химиками, всю жизнь проработавшими на московском заводе «Калибр», выпускавшем точную измерительную аппаратуру.
3. Параллельно с учёбой в институте студент Миша работал плотником в жилищно-строительном кооперативе «Эталон».
4. В рамках созданного им Межотраслевого центра научно-технического творчества молодёжи (НТТМ) занимался импортом и сбытом компьютеров, варкой джинсов, сбытом алкогольных напитков и обналичиванием средств.
5. Во время событий 19-21 августа 1991 года Ходорковский был среди защитников Белого дома.
6. В результате дефолта 1998 года и краха банка «Менатеп» Ходорковский, чтобы не утратить контроль над ЮКОСом, заявил о намерении осуществить дополнительную эмиссию акций в результате которой пакет акций, находившийся в залоге у кредиторов, мог обесцениться. В этой ситуации зарубежные банки предпочли пойти на убытки, уступив акции Ходорковскому.
7. В 1994 году по инициативе Ходорковского в бывшей дворянской усадьбе Кораллово был открыт лицей-интернат «Подмосковный», в котором обучались социально незащищённые дети, в том числе, пострадавшие от терактов, дети погибших военнослужащих и сотрудников правоохранительных органов.
8. 19 февраля 2003 года на совещании в Кремле президента России с крупными предпринимателями Ходорковский по поручению Российского союза промышленников и предпринимателей сделал доклад о коррупции, вызвавший недовольство Путина.
9. Утром 25 октября 2003 самолёт Ходорковского, направлявшийся в Иркутск, совершил посадку для дозаправки в аэропорту Новосибирска. Как только самолёт остановился, он был блокирован сотрудниками ФСБ. В тот же день Ходорковский был доставлен в Москву на допрос в следственный комитет Генеральной прокуратуры в Техническом переулке], предстал перед судом и был помещён в следственный изолятор «Матросская тишина».
10. К моменту ареста акций Ходорковский считался самым богатым бизнесменом в России по данным за 2003 год и одним из богатейших людей в мире, занимая в списке журнала Forbes 16 место с состоянием, оценивавшимся в 15 млрд долларов.
11. После проведения судебного процесса против ЮКОСа и Ходорковского, повился термин «Басманное правосудие».
12. «Международная амнистия» присвоила Ходорковскому статус «узника совести».
13. В колонии основной работой Ходорковского было шитьё рукавиц.
14. Михаил Борисович четырежды за время своего заключения объявлял голодовки.
15. В ночь с 13 на 14 апреля 2006 г. заключённый Александр Кучма порезал Ходорковскому лицо сапожным ножом.
16. Европейский суд по правам человека в своём решении, вынесенном в мае 2011 года, усмотрел процедурные нарушения при аресте, установил факты унижения человеческого достоинства при содержании под стражей в ходе предварительного и судебного следствия
17. 20 декабря 2013 года Владимир Путин подписал Указ «О помиловании Ходорковского». Михаил был освобождён ночью, столь поспешно, что Ходорковскому не выдали справку об освобождении, не дали времени сменить костюм заключённого на повседневную одежду. Колонию в Сегеже покинул на служебном автомобиле УФСИН, проследовавшем в Дом приёмов УФСИН, а оттуда в аэропорт Петрозаводска. Там его ждал литерный самолёт Ту-134, на котором Ходорковский прибыл в Санкт-Петербургский аэропорт Пулково, где его отпустил конвой. Из Пулково на частном самолёте Cessna, предоставленном бывшим главой МИД ФРГ Хансом-Дитрихом Геншером, вылетел в Берлин.
18. 20 сентября 2014 года из Парижа впервые заявил о своих президентских амбициях — с целью проведения конституционной реформы в России
19. 7 декабря 2015 года стало известно, что Следственным комитетом России Ходорковскому заочно предъявлено обвинение по уголовному делу об убийстве мэра Нефтеюганска Владимира Петухова, совершённом в 1998 году. Ходорковский объявлен российскими правоохранительными органами в международный розыск, однако их запрос Интерпол отклонил.