Извержения вулканов на дне океанов формируют вулканические горы, вершины которых могут подниматься над поверхностью океана. Когда такой вулкан затухает и перестаёт извергать лаву, он постепенно может опять погрузиться под воду. В результате длительных геологических процессов формируются подводные горы с характерной плоской вершиной. Таких подводных гор оказалось так много, что для них в 1945 году американские океанологи придумали специальный термин – «гайот», так как они напоминают ступенчатое здание геологического факультета Принстонского факультета - «Гайот-холл», названного в честь американо-швейцарского геолога Арнольда Гюйо (Guyot).
Теория образования гайотов была предложена в 1965 году американским геологом Гарри Хессом, много лет посвятившим изучению этих подводных структур. Согласно этой теории, гайоты образовались из древних вулканических островов (гор). Сначала, в результате извержения подводного вулкана образуется остров. После того как вулкан перестаёт работать, его надводная часть разрушается прибоем и выветриванием, гора постепенно выравнивается. На мелководье вокруг острова начинают расти кораллы, формируя окаймляющие коралловые рифы. После погружения острова, когда до поверхности моря будет доставать только кольцевой коралловый риф — остров превратится в атолл. Если скорость погружения острова превысит скорость роста кораллов, атолл исчезнет.
На глубине погрузившийся атолл начнёт заполняться падающими сверху осадочными породами и останками живых организмов. Со временем он заполнится полностью, а его вершина станет плоской. С этого момента погрузившийся атолл превратится в гайот.
Всего в мировом океане насчитывается около 10 000 гайотов и большинство из них находятся в Тихом и Индийском океанах. От дна океана эти структуры достигают высоты до 5 км. Плоские вершины некоторых из них находятся всего лишь в 20 метрах от поверхности океана, формируя подводные отмели, называемые «банка». В районах таких гайотов часто обитают скопления промысловой рыбы. К гайотам иногда приурочены месторождения кобальто-марганцевых руд.