В следующем году Скорпион снова был представлен в Mortal Kombat, и за ним стоит действительно богатая история. Теперь у нас есть эксклюзивная экипировка для новых ниндзя: Смоука и Нуб Сайбота. История Скорпиона описана в этой игре следующим образом:
«О спектр, делай инферно вольта дас профундезас. Обнаружив возвращение Саб-Зиро, он возвращается, чтобы преследовать ниндзя-убийцу, следуя за царством скрытого Внешнего мира, где он продолжает свою нечестивую миссию».
Сюжет игры, однако, не открывает нам чего-то важного: Саб-Зиро из Mortal Kombat II не такой, как в первой игре! Он новый ирмао, Куай Лян, который принял мантию ирмао, чтобы отомстить за свою смерть. Скорпион в Mortal Kombat II узнает, должен ли новый Саб-Зиро поупарить жизнь противника, или что он не сталкивался и не профилировал Саб-Зиро или убийцу. Спустя годы после игры выяснилось, что Саб-Зиро, который не был первым убийцей Скорпиона, превратился в теневого ниндзя Нуба Сайбота.