Предки пресмыкающихся — рептилиоморфы — известны со среднего карбона. Ранее первыми рептилиями считали представителей группы котилозавров, в которую включали различные малосвязанные таксоны рептилиоморф. Продвинутые рептилиоморфы — амниоты — сразу разделились на две ветви: синапсиды и завропсиды. К синапсидам относятся млекопитающие и их вымершие родственники, ранее известные как «зверообразные рептилии» (с точки зрения кладистической таксономии пресмыкающимися не являются). К завропсидам, в свою очередь, относятся пресмыкающиеся и филогенетически вложенные в их состав птицы. В конце пермского периода оформляются основные эволюционные линии рептилий, включая архозавроморф и лепидозавроморф. В триасе появляются первые динозавры, крокодиломорфы, завроптеригии, первые черепахи и прочие группы. В мезозойской эре наступает расцвет пресмыкающихся, среди представителей наблюдается наибольшее многообразие. Происходит освоение морских и речных водоёмов, а также воздушного пространства. В юрском