12 мая 1894 года на Канатчиковой даче состоялось торжественное открытие новой психиатрической больницы имени Николая Алексеева на 508 мест. До этого в Москве существовала только одна больница, работавшая по этому профилю — Преображенская больница для душевнобольных. Но ее ресурсов уже не хватало для оказания помощи всем нуждающимся, поэтому врачи обратились к московскому голове Николаю Александровичу Алексееву с просьбой построить еще одну. Для реализации этой идеи Алексеев решил привлечь частных лиц. Среди меценатов больницы были Тихон Назаров, Тимофей Морозов, Иван Баев с женой, купец Флор Ермаков, пожертвовавший 300 тысяч рублей на строительство отдельного корпуса на 100 мест, и многие другие. К концу 1889 года сумма пожертвований превышала 500 тысяч рублей.
Первоначально планировалось пристроить новый корпус к старому зданию Преображенской больницы, но исходя из суммы собранных пожертвований в 1889 году решили построить новую больницу на 300 мест. Для ее размещения была выбрана Канатчикова дача, которую Городская дума в 1868 году выкупила у купца Канатчикова для устройства там скотобойни. Для архитекторов была подготовлена специальная программа, учитывавшая специфику заведения, в соответствии с которой архитектор Леонид Васильев подготовил проект нового здания в неорусском стиле. Однако, когда была составлена общая смета строительства, выяснилось что пожертвованных средств не хватает, поэтому Городская дума решила разделить строительство на несколько этапов.
В первую очередь решено было построить главный корпус с церковью, хозяйственный корпус и дом для служащих. В 1891 году состоялась торжественная закладка новой больницы. Однако Алексееву не удалось дожить до ее открытия — 9 марта его смертельно ранил в живот душевнобольной. 18 мая 1893 года по указу императора Александра III больнице было присвоено имя Николая Александровича Алексеева. По его завещанию больница получила 300 тысяч рублей на возведение второй очереди больничных зданий и на ее содержание.
12 мая 1894 года состоялось открытие первой очереди больницы — части центрального корпуса, корпуса Ермакова и административных и хозяйственных построек. В 1900 году на средства Александра Капцова был построен женский корпус для хронических больных. В 1902 году на средства вдовы Алексеевой на территории больницы выстроили электростанцию. В 1905 году были открыты лечебные мастерские, также построенные на средства жертвователей.