В настоящее время тёмные лесные пчёлы, обитающие в бортях, колодах и естественных дуплах, сохранились на Южном Урале в государственном заповеднике «Шульган-Таш» площадью 22 тыс. га (создан в 1958 году), региональном природном заказнике «Алтын Солок» площадью 90 тыс. га (учреждён в 1997 году) и национальном парке «Башкирия» площадью 82 тыс. га (образован в 1986 году). В конце 2014 года в период очередной популяционной депрессии на территории заповедника, заказника и национального парка имелось более 1200 деревьев с бортями и колодами, из которых было заселено около 300 искусственных дупел. Примерно 4 тыс. пчелиных семей бурзянской популяции в этой зоне содержится на пасеках с рамочными ульями, а в естественных дуплах по данным экстраполяции учётных материалов обитает 200—400 «дичков». В 2012 году перечисленные особо охраняемые природные территории вместе с рядом иных получили статус комплексного биосферного резервата ЮНЕСКО «Башкирский Урал» общей площадью 346 тыс. га, а региональный заказник «Алтын Солок» стал реально охраняться Министерством природопользования и экологии Республики Башкортостан. В настоящее время с целью сохранения бурзянской бортевой пчелы и в рамках развития резервата планируется расширение территории заповедника «Шульган-Таш» в северо-западном направлении за счёт неосвоенной территории в междуречье рек Нугуш и Урюк. Сотрудники заповедника «Шульган-Таш», заказника «Алтын Солок» и национального парка «Башкирия» совместно с местными пчеловодами постоянно проводят мероприятия по оптимизации численности и селекционную работу по повышению иммунитета, зимостойкости и продуктивности семей бурзянской бортевой пчелы, распространению опыта бортевого пчеловодства. Такая политика государственных природоохранных учреждений позволяет сохранять уникальную популяцию бортевых пчёл — изолят A. m. mellifera в Евразии в условиях новых угроз стихийной гибридизации и разрушения мест обитания.