Всего было создано свыше 20 разных вариантов самолёта Ту-104 - как для гражданской авиации, так и для военно-космических и научных целей. Несмотря на многочисленные аварии, новый самолёт на некоторое время стал главным лайнером отечественной гражданской авиации - и полностью изменил всю систему аэродромного обслуживания. Из-за высокой скорости машины пришлось строить новые, более длинные взлётно-посадочные полосы. Лайнеры перестали заправлять в ангарах: появились подъезжающие к ним бензозаправщики и тягачи. Для пассажиров стали применяться самоходные трапы, в аэропортах начала работать система регистрации билетов и оформления багажа. В лайнере пассажирам предоставлялись напитки и горячее питание. Неудивительно, что авиарейсы Ту-104 пользовались огромной популярностью - тем более что официальная информация об авариях тщательно скрывалась, люди знали о них только по слухам и не могли представить всю полноту картины. Хотя в начале 1960-х годов существовала популярная песенка на мотив известного похоронного марша: "Ту-104 самый быстрый самолёт, за две минуты до могилы довезёт". Самолёт также участвовал во многих научных экспериментах. В феврале 1961 года с него было проведено первое в СССР наблюдение солнечного затмения наа высоте 10 тысяч метров. Модификация Ту-104АК использовалась для тренировки космонавтов в условиях невесомости и для подготовки первого выхода человека в открытый космос.
Но статистика лайнера-убийцы была просто ужасающей. Вот лишь некоторые цифры. 1961 год. При посадке в Одессе лайнер из-за неполадок в управлении врезался в аэродромные конструкции. Погиб один человек, ещё 10 были ранены. 1962 год. Самолёт Ту-104 проходил испытания после технического обслуживания после технического обслуживания и сразу после взлёта упал на землю. Причиной признали недостатки в системе управления. Всё находившиеся на борту специалисты 11 человек погибли. Сентябрь 1973 года. Катастрофа под Свердловском. Погибли 108 человек. В октябре самолёт с 8 членами экипажа и 114 пассажирами упал рядом с аэропортом Домодедово, никто не выжил. А в декабре ещё один самолёт при посадке в Домодедове сошёл с полосы, погибли 16 человек из 75. 1976 год. Катастрофа под Москвой. Лайнер вошёл в крен и врезался в лес. Погибли все 73 человека. Этот список далеко не полон. Но кроме аварий, которые можно объяснить несовершенством самолёта, трагические происшествия случались с лайнером и по иным причинам. 1962 год. Катастрофа под Красноярском, погибли 84 человека. Уже в наше время стало известно, что самолёт был сбит советской боевой ракетой во время военных учений. 1971 год. Авария при вылете из аэропорта Внуково, погибли 25 человек. Причина - взрыв бомбы террориста. 1973 год. взрыв самолёта под Читой, причина - действия угонщика-террориста, требовавшего посадить лайнер за границей. Погиб 81 человек. После катастрофы под Москвой в 1979 году, унесшей жизни 59 человек, 60 человек были ранены, эксплуатация Ту-104 в гражданской авиации наконец-то была запрещена. К тому времени появились новые реактивные пассажирские самолёты: Ту-134, Ту-154, Ил-62 и другие.
Но военные летали на Ту-104 ещё два года. И лишь когда в 1981 году произошла катастрофа под Ленинградом, в результате которой погибло почти всё руководство Тихоокеанского флота, прибывшее для проведения совместных учений, самолёт перестали эксплуатировать. многие машины были порезаны на металлолом, но некоторым из них выпала честь стать самолётами-памятниками в разных городах. И в советское время, глядя на них, мало кто думал, что главной заслугой такого лайнера было то, что он несколько лет кое-как долетал до места назначения и не убил своих пассажиров, как его собратья.