В 1941-42 учебном году в связи с началом войны все кафедры института пересмотрели программы в рамках оборонной тематики. Появились специальные разделы химии; в биологии сделали упор на изучение растений и животных, имеющих сельскохозяйственное значение; кафедра истории СССР скорректировала программу к условиям Великой Отечественной.
Преподавательский состав этого периода представлял собой 5 профессоров (в том числе два доктора наук), 20 доцентов и кандидатов наук. Многие из них попали в Оренбург (Чкалов) в связи с эвакуацией из родных городов (Москвы, Минска, Днепропетровска, Пскова и др.).
В аспирантуре было три аспиранта, состав студентов в этот период также существенно сократился. Из 451 выбывшего, большинство прекратили обучение по материальным или семейным обстоятельствам, некоторые перешли в другие вузы, либо отправилась по призыву в Красную армию. Оставшиеся студенты стали испытывать проблемы с жильем, поскольку в октябре 1941 года институт лишился последнего общежития (его заняли работники шелкоткацкого комбината). Студентам предложили расселиться на квартирах.
В условиях военного времени ввели право 2/3: разрешалось посещать бОльшую часть, но не все занятия. Но студенты этим правом почти не пользовались - посещаемость составляла до 94%.
В результате за 1941-42 учебный год выпустились 377 учителей. Преимущественно они получили назначения в учреждения Чкаловской области.