Геноцид — массовое истребление евреев — стал кульминацией десяти лет постоянно ужесточавшихся преследований.
В период правления Адольфа Гитлера гонения на евреев и их изоляция происходили в несколько этапов. После прихода к власти в Германии в 1933 году нацистской партии государственная политика расовой дискриминации привела к антиеврейским законам, экономическим бойкотам и, наконец, к жестоким погромам «Хрустальная ночь» («Ночь разбитых окон»). Все это было направлено на изоляцию евреев от остального общества и изгнание их из страны.
После германского вторжения в Польшу в сентябре 1939 года (начало Второй мировой войны) антиеврейская политика ужесточилась: европейским евреям угрожали аресты, а впоследствии смерть. Прежде всего фашисты организовали гетто (закрытые кварталы, предназначенные для изоляции евреев и надзора за ними) в Генерал-губернаторстве (внутренние и восточные районы Польши, находившиеся под контролем германского гражданского правительства) и в Вартегау (западная часть Польши, аннексированная Германией). Польские и западноевропейские евреи были депортированы в эти гетто и жили там в тесноте и антисанитарных условиях, страдая от голода.
После нападения Германии на Советский Союз в июне 1941 г. подразделения СС и полиции (игравшие роль оперативных карательных отрядов) начали широкомасштабные операции по уничтожению еврейских общин. Осенью 1941 года СС и полиция начали использовать газовые фургоны. Это были покрытые металлом грузовики с выхлопной трубой, которая действовала как насос, перекачивающий угарный газ в герметичный корпус, так что все внутри погибли; эти автомобили использовались одновременно с продолжающимися казнями.
Через четыре недели после вторжения в Советский Союз, 17 июля 1941 года, Гитлер поручил шефу СС Генриху Гиммлеру заведовать всеми вопросами безопасности на оккупированной территории СССР. Гитлер наделил Гиммлера широкими полномочиями, дающими право физически устранять всех, кто потенциально угрожал германскому правлению. Две недели спустя, 31 июля 1941 года, нацистский лидер Герман Геринг уполномочил генерала СС Райнхарда Гейдриха провести подготовку, направленную на "Окончательное решение еврейского вопроса".
Осенью 1941 года шеф СС Генрих Гиммлер поручил генералу немецкой армии Одило Глобочнику (главе СС и полиции Люблинского округа) осуществить план массового уничтожения евреев на всей территории Генерал-губернаторства. Эта акция впоследствии получила кодовое название Operation Reinhard в честь Рейнхарда Гейдриха, убитого чешскими партизанами в мае 1942 года. В рамках операции Reinhard в Польше были построены три лагеря смерти, предназначенные исключительно для расправы над заключенными: Белжец, Собибор и Треблинка.
Лагерь Майданек также время от времени служил местом для уничтожения евреев, проживавших в Генерал-губернаторстве. Там были газовые камеры, в которых сотрудники СС убили десятки тысяч евреев — заключенных рабочих лагерей, слишком слабых для того, чтобы продолжать работу. СС и полиция уничтожили не менее 152 000 человек — главным образом евреев, но также и несколько тысяч цыган — в газенвагенах лагеря смерти Хелмно, расположенного в тридцати километрах к северо-западу от города Лодзь. Весной 1942 года Гиммлер приказал превратить Освенцим II (Аушвиц-Биркенау) в лагерь уничтожения. В этом лагере по указанию администрации СС было убито около миллиона евреев из разных европейских стран.
СС и немецкая полиция уничтожили в лагерях смерти около 2 700 000 евреев, которые были расстреляны или отправлены в газовые камеры. В целом «Окончательное решение еврейского вопроса» предусматривало уничтожение всех евреев, проживающих в Европе, путем расстрелов, отравления газом или любым другим способом. Приблизительно шесть миллионов евреев, мужчин, женщин и детей, погибли во время Холокоста, то есть две трети всех евреев, живших в Европе до Второй мировой войны.