Для сохранения неповторимой природы Прибайкалья в области было организовано два заповедника, один национальный парк и несколько заказников.
Байкало - Ленский заповедник.
Байкало - Ленский заповедник образован на территории Качугского и Ольховского районов Иркутской области вдоль побережья Байкала. Интерес к созданию заповедник появился с 70-х годах, со строительством Байкало - Амурской магистрали. Но проектирование заповедника началось только в 1984 году., когда природе уже был нанесен существенный урон. И до сих пор вокруг заповедника так и не удалось создатьохранную зону, а весь заповедник поделии на три лесничества: Берег бурых медведей, Верхне - Ленский и Киренгский. Заповедник расположен в зоне повышенной сейсмичности, в год бывает до 200 землетресений.
Витимский заповедник.
Заповедник Витимский организован в 1982 году в юго - восточной части Бодайбинского района Иркутской области. Его площадь составляет более 585 гектара. Создание заповедника обусловлено в этом районе строительством Байкало - Амурской магистрали. На территории заповедника протекает много рек, ручьев и ключей. Наиболее крупной судоходной рекой считается Витим. Натерритории заповедника огромное небольших количество озер.
Баргузинский заповедник.
Баргузинский биосферный заповедник, расположен в Бурятии на северо - восточном побережье Байкала и западных склонах Баргузинского хребта. Заповедник основан в 1916 году, его площадь 374,3 тысячи гектара; также заповедна трехкилометровая полоса акватории озера Байкал площадью 150 тыс. га, Территория заповедника отнесена к объектам Всемирного культурного и природного наследия ЮНЕСКО. Это старейший государственный заповедник России, он организован в 1916 году как соболинный охотничий заповедник. Основа научных иследований в заповеднике ( прежде всего баргузинского соболя ) была заложена экспедицией под руководством Г. Г. Доппельмайра в 1914 - 1915 годах.
Прибайкальский национальный парк.
Дата создания: 13 февраля 1986 года. Площадь 418300 га. Географическое положение заподное побережье Байкала, территория Иркутского, Ольхонского и Слюдянского районов Иркутской области, южный и юго - восточный склоны Приморского хребта. Прибайкальский парк охватывает 450 км побережья байкала от южной оконечности озера до реки Хейрем- южной границы байкало - лесного заповедника. К территории национального парка относится также остров Ольхон.
Байкальский заповедник.
Основан в 1969 г. Площадь - 165,7 тыс. га. Лесопокрытия - 117,2 тыс.га. Бурятия южное побережье Байкала и хребет Хамар - Дабан. Темно-хвойнотаежный комплекс елово-кедровая, пихтово-еловая тайга. Во флоре 777 видов, фауна, марал, кабарга, кабан, косуля, рысь, лось, соболь, бурый медведь, росомаха, Высокогорная полевка, заяц беляк, пищуха, белка и др. Птиц заповедника насчитывается 265 видов. Среди гнездящихся преобладают: каменный глухарь, рябчик, глухая кукушка, неясыти и сычи. В заповеднике 17 рек, в падающих в озеро Байкал ( Сосновка, Таркулик, Давша, Большая, и др. ). Климат заповедника континетальный, наиболее холодный месяц - Январь, самый теплый - Август. Растительность территории - горные лиственничные леса.