Морские просторы нашей планеты оказываются в очень большой опасности. Непонятно откуда во всех морях появляется множество кораблей. Они оснащены последними разработанными технологиями и на их борту есть такое оружие, которое человечеству и не снилось. Корабли эти называются Призрачный флот.
В скором времени завязывается жестокая война между Призрачным флотом и человечеством за все моря и океаны планеты Земля. Так как у людей нет оружия, чтобы бороться с супер-кораблями, они проигрывают и теряют контроль над морями. С этого момента люди не могут пользоваться водами моря.
Проходит почти семнадцать лет. Молодой парень по имени Гунзо Чихайя никак не может смириться с таким положение вещей. Он считает, что моря по праву принадлежат людям. Вместе со своими верными друзьями, невзирая на все опасности для жизни, Гунзо получает доступ к одному из кораблей Призрачного флота.
Они решают использовать его в качестве орудия борьбы в новой войне с врагом. Чихайя придумывает название для корабля – I-401. В борьбе против Призрачного флота I-401 помогает друзьям в виде физической формы как гуманоид. Она называется Иона. Борцам за справедливость предстоит пережить множество опасных и интересных приключений.