Сергей Алексеевич Никитин родился в 1895 г. в Москве в семье бухгалтера, окончил гимназию, учился на медицинском факультете Московского университета, с 1918 г. работал на малярийной станции в Туркмении и в госпиталях. По окончании войны Сергей Алексеевич закончил университет, в 1923 г. посетил преподобного Нектария Оптинского, который утвердил молодого человека в намерении стать врачом. Впоследствии Сергей Никитин работал врачом-невропатологом в московских больницах, а свободное время отдавал храму. Сергей Александрович сблизился со священномучеником Сергием Мечевым, принадлежал к его общине, отвергавшей компромиссы с безбожной властью. Другим близким человеком для Никитина стал святитель Афанасий (Сахаров). Он же тайно рукоположил Сергея Александровича во священника. «Когда придется служить, - сказал епископ Афанасий, - твой медицинский халат будет за фелонь».
В 1931 г. отец Сергий был арестован по групповому делу о. Бориса Холчева как «участник антисоветской организации» и получил три года лагерей, в заключении заведовал лагерным медпунктом. Чтобы облегчить участь заключенных отец Сергий освобождал их от работы чаще, чем требовала администрация, за что чуть было не получил новый срок. Пастырь считал, что Бог отвел от него беду по заступничеству блаженной Матроны Анемнясевской.
После освобождения отец Сергий работал врачом во Владимирской области и тайно совершал богослужения. В 1950 г. отец Сергий вышел на открытое служение. Он переехал в Среднюю Азию, был настоятелем храма в Самарканде, служил в ташкентском Успенском соборе, а затем в Тихвинском женском монастыре в г. Днепр. В 1959 г. монастырь был внезапно закрыт, чему поспособствовал митрополит Киевский Иоасаф (Лелюхин).
В том же году отец Сергий Никитин был пострижен в монашество с именем Стефан и в 1960 г. рукоположен во епископа Можайского.
Современники вспоминают епископа Стефана как очень доброго и светлого человека с истинным апостольским духом. На духовные темы он мог говорить постоянно, и никто из слушателей никогда не скучал. Люди замечали интересную особенность владыки - он часто ссылался на Евангелие и если открывал его, то находил нужную цитату сразу же. Говорили, что на самом деле он знал Евангелие наизусть, но скрывал это, а книгу открывал для вида.
Архипастыря спрашивали, как верующему человеку вести себя на допросах в КГБ. Владыка отвечал, что нужно прямо говорить, что ты верующий и православный. На остальные вопросы - в какой храм ходишь, с кем общаешься, участвуешь ли в таинствах, можно не отвечать или говорить неправду. Епископ Стефан, объясняя это, ссылался на слова молитвы перед причащением: «не бо врагом Твоим тайну повем».
В 1961 г. епископ Стефан перенес инсульт, в январе 1962 г. был уволен на покой, но в том же году был назначен управляющим Калужской епархией. За короткое время своего служения в Калуге он приобрел любовь своей паствы, а подчиненное духовенство отмечало поразительную доброту епископа, его готовность всегда прийти на помощь.
В день Жен Мироносиц 28 апреля 1963 г. епископ Стефан отслужил литургию и вышел на проповедь. Не закончив ее, он покачнулся и умер на руках подхвативших его священников. Архипастырь был похоронен у алтаря Покровского храма возле станции Отрадное Одинцовского района Московской области.
По материалам Базы данных ПСТГУ, книге диакона Димитрия Пономаренко «Епископ Стефан Никитин» и свидетельствам современников