Примерно тогда же этот сын Исраила вновь появился в Бухаре, где не был семь лет, которые провел в неволе в Газне. Его возвращение и известие о смерти Исраила стали поводом для очередного нападения Сель-джукидов на Газну. Как и прежде, войсками сельджуков командовали Тогрул и его братья; войско Газневидов возглавил Масуд, наследник Махмуда. В 1040 году их противоречия наконец-то разрешились: в битве у расположенного поблизости от Мерва Данданакана опять победили сельджуки. На этот раз победа была окончательной, Газневиды были вынуждены оставить свои западные земли и скрыться за стенами Газны. Пока сельджуки наслаждались свободой в Хорасане, в Газне сломленный поражением Масуд сложил оружие и предался музыке и винопитию. Падением Газневидов воспользовались отряды воинственных тюрок; началось их постепенное, но настойчивое проникновение в восточные провинции Византии, где они беспрепятственно рыскали, наводя ужас на местное население. Победа при Данданакане была первой из длинного ряда одержанных сельджуками побед, благодаря которым они в итоге совершили триумфальное шествие через Персию и Ирак в Сирию и Малую Азию. Тогрул понимал, что благодаря этой победе он получил контроль над всей Персией. К 1043 году он укрепил свои позиции в Табаристане и перенес столицу в Мерв. Затем Тогрул отправился в поход в Индию, там в Нишапуре устроил свою ставку и провозгласил себя защитником халифа Аббасида. В ответ высшее духовное лицо ислама признало Тогрула суверенным правителем, назвав его имя во время хутбы – официальной молитвы, возносимой в главной мечети Багдада по пятницам и в дни государственных праздников; причем сначала он упомянул Тогрула и лишь после него суверена этого города ал-Малика из династии Бундов. Тогрул решил, что наступила пора ему и его братьям разделиться, и, когда Чагры пошел покорять земли мусульман, лежащие к востоку от Тигра, Тогрул отправил Ибрахима в поход на Хамадан. Кампании обоих братьев оказались удачными, но Ибрахим все же добился большего успеха, чем Чагры, поскольку ему удалось настолько прочно обосноваться на северо-западе Персии, что в 1045 году он смог, воспользовавшись помощью огузов, продвинуться дальше на территорию Армении. Его продвижение стало целой чередой сменяющих друг друга отлично организованных рейдов против Малазгирт, Эрзурума и Трапезунда. Эти успехи были настолько впечатляющими, что не могли не разбудить зависть, которая никогда долго и не дремала в душе кочевника. Естественно, Тогрул усомнился в лояльности брата, и Ибрахиму стало известно о подозрениях Тогрула. Опасаясь за свою жизнь, он счел за лучшее уступить Хамадан своему старшему брату и суверену, однако его душу сжигал гнев. С этого момента Ибрахим затаил ненависть.
Тогрул, под властью которого находился весь северо-восток Персии и значительная часть территории Азербайджана, принял решение еще раз перенести свою столицу, на этот раз в чудесный город Рей. Там с ним жил любимый племянник Алп Арслан (вторая часть имени означает «лев»), сын обожаемого Тогрулом брата Чагры. В соответствии с древним обычаем огузов, нескольких своих родственников-мужчин Тогрул сделал местными правителями, наделив их полномочиями частично независимых вассалов. Поскольку он сам всегда хорошо помнил о взятом обязательстве защищать халифа, им он тоже никогда не позволял забыть об этом долге перед их общим духовным лидером. Поэтому, когда слабый и неумелый политик халиф ал-Каим позволил себе стать заложником тюрка Басасири, посланца ал-Малика – последнего правителя Фарса из династии Бундов, Тогрул счел необходимым вмешаться. Поставив цель отстоять независимость халифа, он направил войско в Багдад и сам возглавил поход. Судьба вновь оказалась к нему благосклонна: Багдад быстро капитулировал. И хотя Тогрул воспользовался успехом, чтобы прибрать к рукам светскую власть, которая прежде принадлежала Аббасидам и которую у них отобрали Бунды, он честно постарался восстановить былое могущество халифа, возвратив тому духовную власть – власть высшего религиозного лидера ислама и к тому же позволив ему в этом качестве по-прежнему пользоваться услугами визиря. Взамен в 1058 году халиф осыпал своего доблестного защитника царскими почестями – возложил на плечи Тогрула роскошную мантию, посадил его на пышный трон и провозгласил правителем Востока и Запада. Вскоре после этого теплые отношения между ними стали еще более близкими: халиф женился на Арслан-хатун Хадиче, племяннице Тогрула и сестре Алп Арслана. Свадьбу отпраздновали в Багдаде с большим размахом. В 1063 году в городе Рей накануне своей собственной женитьбы на дочери халифа Тогрул умер от кровотечения. Было ему около 70 лет.
