В послевоенное время для усиления кадрового потенциала в институт направлялись ученые и преподаватели из ведущих вузов и научных учреждений.
Опыт БГПИ в подготовке кадров, накопленный научный и организационный потенциал позволили в 1957 году создать на его основе классический университет. 20 июля 1957 года Совет министров СССР издал Постановление № 879 «Об организации Башкирского государственного университета на базе функционирующего Башгоспединститута», ректором которого стал Ш. Х. Чанбарисов. За 28 лет его работы директором института и ректором университета (с 1953 по 1981 г.) было построено 3 новых учебно-лабораторных корпуса, просторная университетская столовая, большой переход между зданиями, 5 студенческих общежитий, несколько многоквартирных домов, оздоровительный лагерь со стационарной столовой в Нагаево, спортивный комплекс, реконструирован с надстройкой этажа корпус биологического факультета. Ш.Х. Чанбарисов придавал особое значение воспитанию научно-педагогических кадров, используя для этого целевые аспирантуры Московского, Ленинградского и других ведущих университетов страны, а также собственную аспирантуру. В результате почти две трети преподавателей БашГУ составляли доктора и кандидаты наук, что значительно превышало средние показатели других российских вузов.
История Башкирского государственного университета неразрывно связана с историей страны и Республики Башкортостан. Необходимость научных исследований по биологии растений и выделению высокоурожайных культур для развития сельского хозяйства обусловила создание в 1957 году самостоятельного биологического факультета (декан — З.З. Валеев). В связи с развитием нефтехимической и химической промышленности в 1963 году химико-географический факультет был разделен на самостоятельные химический и географический факультеты. Для работы сюда были приглашены химики из ведущих научных и образовательных учреждений страны.
В послевоенный период советское государство усилило внимание к подготовке юристов, и в 1949 году в Уфе появился филиал Всесоюзного юридического заочного института, на базе которого в 1971 году был создан юридический факультет университета.
В первой половине 70-х годов в СССР начинается техническая модернизация высшего образования, и в Башгосуниверситете открываются оснащенные новейшей техникой лаборатории, кабинеты, аудитории. В 1972 году произошло разделение физико-математического факультета на физический и математический.
Особой вехой в развитии математического факультета стал приезд в 1971 году в Уфу члена-корреспондента АН СССР А. Ф. Леонтьева. В 1972 году под его руководством была открыта кафедра теории функций и функционального анализа, которую впоследствии возглавил член-корреспондент РАН В. В. Напалков. Сегодня факультет математики и информационных технологий ведет исследования в области высшей алгебры и геометрии, дифференциальных уравнений, информационных технологий и компьютерной математики, математического анализа, математического моделирования, программирования и экономической информатики.