Все выступления эксплуататорских классов против установления Советской власти были безуспешными, вся надежда оставалась на внешнюю помощь. Попыткой Антанты вернуть Россию в войну с Германией была интервенция. Военной силой для этого в Сибири и Поволжье явился чехословацкий корпус, созданный из военнопленных чехов и словаков.
Солдаты корпуса мало разбирались в происходящих событиях. Солдаты рвались домой, и командование корпуса вело провокационные разговоры о том, что Советское правительство их не отпускает на родину. В результате этого чехословацкий корпус выступил в защиту русской контрреволюции.
Омск являлся областным и окружным центром, здесь было сосредоточено много учреждений, чиновники которых после революции были враждебно настроены по отношению к Советской власти. Кроме того, в городе скопилось много офицеров, бежавших из Центральной России.
24 мая 1918 г. в Омске получили телеграмму из Москвы, в которой говорилось о возможности мятежа чехословацкого корпуса. А на следующий день в Омский Совет я вилась группа чешских офицеров и потребовала разрешения на свободное продвижение эшелона с войсками на восток и выдачи продовольствия. Председатель Совета и другие участники переговоров потребовали сдачи оружия. Условия чехами приняты не были и эшелон ушёл на станцию Марьяновка. В погоню отправился отряд в составе 200 бойцов. Догнав поезд у станции красногвардейцы по началу не встретили сопротивления, но когда они вышли из вагонов по ним был открыт огонь. Часть выживших красногвардейцев смогла вырваться из окружения, всего погибло свыше 150 человек. Эта трагедия потрясла омичейи с 26 мая 1918 г. город был объявлен на военном положении. Из рабочих предприятий стали формироваться отряды Красной гвардии, солдат обучали обращению с оружием, проводилась строевая подготовка.
После боя под Марьяновкой с чехами было заключено перемирие на 2 дня. На переговоры чехи шли неохотно, т. к. они довольно быстро получили подкрепление и к ним присоединился атаман Анненков со своим отрядом. Перемирие продлили на 5 суток до 4 июня. Омские власти использовали это перемирие для формирования отрядов Красной Гвардии. Но из-за перевеса в сторону противника, 7 июня 1918 г. на заседании военно-революционного штаба было принято решение об отступлении. Погрузка была спешной. К вечеру город был в руках белогвардейцев, начались массовые аресты красногвардейцев и их семей.
На восточном направлении бои начались 29 мая, командующим Восточным фронтом был назначен С.Н. Черепанов.
Захватив Омск с помощью чехов, белогвардейцы покончили с Советской властью в уездных городах и сёлах Омского Прииртышья. Временное Сибирское правительство разместилось в Омске. Кроме того, Омск оставался крупным военным центром, на военных складах имелись большие запасы вооружения и боеприпасов, также имелись несколько самолетов. Временным командующим Сибирской армией был назначен генерал А.Ф. Матковский. Временное Сибирское правительство объявило о денационализации промышленных предприятий, за политические преступления вводилась смертная казнь.
Трагически сложилась судьба Александра Ефремовича Новосёлова ( Новосёлов Александр Ефремович 1884-1918 – писатель, этнограф, общественный и политический деятель. Родился 5 ноября 1884 в посёлке Железинском Павлодарского уезда Семипалатинской области. Учился в Сибирском кадетском корпусе (1896-1901), который оставил на последнем году обучения перед выпускными экзаменами. После кадетского корпуса 2 года прожил в посёлке Железинском, после чего, сдав экзаменына звание учителя, работал в посёлке Надеждинском близ Петропавловска, а затем перевёлся в посёлок Больше-Нарымский. Его литературные произведения печатались в сибирских газетах и журналах: «Степной край», «Омский вестник», «Думы», «Сибирские записки» и др. Наиболее значительным из них является повесть «Беловодье». После Февральской революции Новосёлов активно включился в политическую жизнь, вступил в партию эсеров. В январе 1918 он входит в состав Временного правительства автономной Сибири. В ночь на 21 сентября был арестован по распоряжению начальника омского гарнизона полковника В.И. Волкова, 23 сентября 1918 Новосёлов был убит в Загородной роще.)
В это время в Уфе проходило Государственное совещание представителей территорий, освобождённых от Советской власти. Борьба за власть развернулась между Временным Сибирским правительством и Комучем (Комитетом членов Учредительного собрания), созданным в Самаре 8 июня 1918 г. Из четырёх городов, претендовавших на местопребывание Директории, предпочтение получил Омск.
9 октября поезд с членами Директории прибыл в Омск, Временное Сибирское правительство встретило их враждебно. 4 ноября был создан Совет Министров. Председателем стал П.В. Вологодский , его заместителем – В.А. Виноградов, финансов – И.А. Михайлов, иностранных дел – Ю.В. Ключников, внутренних дел – А.Н. Гаттенбергер, снабжения – И.И. Серебренников, юстиции – С.С. Старынкевич, труда – Л.И. Шумиловский, земледелия – Н.И. Петров. Один из ключевых постов занял А.В. Колчак.
К началу гражданской войны Омск был самым крупным городом Сибири, а с середины 1918 г. стал центром белой эмиграции на востоке России. В городе появлялись новые рестораны, кафе, дома терпимости.
Из-за острой нехватки помещений в Омске действовал лишь один политехнический институт. К началу 1919-1920 учебного года в Омске насчитывалось 45 начальных училищ, в которых обучалось 5102 ребенка.
Литераторы оказались в тяжёлом положении из-за цензурного гнёта. Одним из тех, кто пытался сопротивляться, был Антон Сорокин.
В Омске выходили газеты разных направлений: буржуазная «Омский вестник», эсеровская «Дело Сибири», меньшевиков-интернационалистов «Пролетарий», всего в Омске насчитывалось около 20 газет и журналов. После свержения Советской власти коммунистическая пресса была запрещена. Наибольший гнёт цензуры испытывали издания мелкобуржуазного толка и профсоюзные. Лишь те, кто признавал программу Колчака выходили в свет.
Очень сильно разрастался чиновничий аппарат, в Омске не хватало зданий, их содержание требовало много денег, а вопросы прорабатывались по два-три месяца. В целях покрытия возросших расходов были увеличены налоги, но инфляция сводила доход к минимуму. Были выпущены многочисленные местные денежные знаки, купоны, чеки, боны. Большое внимание уделялось выпуску «сибирских» денег. Основными центрами производства денежных знаков стали Екатеринбург, Омск, Иркутск. За декабрь 1918 было напечатано 450 млн. рублей, а в мае-июне 1919 г. было напечатано более 1 млрд. рублей в месяц.
14 сентября 1918 восстановили смертную казнь. В концлагерь, были посажены сотни красногвардейцев, участвовавших в обороне Омска. Вскоре в Омск стали приходить поезда с заключенными из европейской части России. Такие меры вызывали недовольство среди трудящихся Омска. Создавались подпольные организации. Недовольство нарастало, увольнения и низкая зарплата привели к забастовке железнодорожников. Забастовщиками было выдвинуто требование освободить всех политзаключенных, арестованных 7 июня 1918, восстановить их на работе. Карательные отряды, прибывшие в Омск, подавили восстание, и 21 октября рабочие вышли на работу.
На Сибирской конференции, состоявшейся 23 ноября 1918, был сформирован новый состав областного комитета. Омскими представителями на конференции были А.Масленников и А.Нейбут. Под их руководством началась подготовка к вооруженному восстанию. К середине декабря подготовка почти завершилась. Восстание 22 декабря способствовало прозрению широких народных масс, отношение к Колчаку быстро менялось. Однако восстание потерпело неудачу. Началась подготовка к другому восстанию.
Карательные экспедиции приводили не к усмирению крестьян, а к нарастанию агрессии, ведь большинство из них были невиновны. Контрразведка Колчака сообщала о срыве военных заказов, невыходе на работу. Омскому пролетариату придавал надежды тот факт, что Красная Армия летом 1919 резко переломила ситуацию на восточном фронте в свою пользу. Она захватила Урал. Активизировалось партизанское движение, в уезды направлялись пропагандисты.
Партизанские отряды громили карателей, нападали на земские управы. В отрядах насчитывалось до 10 тыс. партизан. В подавлении восстания участвовало несколько тысяч белогвардейцев.
В дни решающих сражений на Восточном фронте отвлечение значительных сил белогвардейцев на подавление партизанского движения оказало существенную помощь Красной Армии.
К 14 ноября Омск был практически очищен от белогвардейцев. В результате Омской операции были освобождены огромные хлебные регионы Западной Сибири и созданы условия для освобождения всей сибирской территории. В районе Омска войска Красной Армии пленили 10 генералов, 30 тысяч солдат и офицеров, захватили 3 бронепоезда, 41 орудие, сотни пулемётов, 500 тысяч снарядов и 5 млн. патронов, сотни паровозов и тысячи вагонов.