Работа над произведением заняла у Булгакова почти 11 лет, название книги за это время менялось несколько раз.
Михаил Булгаков начал работу над романом в конце 1920-х годов. Однако уже через несколько лет, после того, как узнал, что цензура не пропустила его пьесу «Кабала святош», своими руками уничтожил всю первую редакцию книги, которая занимала уже больше 15 глав. «Фантастический роман» — книгу под иным заголовком, но с похожей идеей — Булгаков писал до 1936 года. Варианты названий постоянно менялись: одни из самых экзотичных — «Великий канцлер», «Вот и я» и «Пришествие».
К окончательному названию «Мастер и Маргарита» — оно появилось на титульном листе рукописи — автор пришёл только в 1937 году, когда произведение переживало уже третью редакцию.
Многие вещи, которые описаны в романе Булгакова, существовали в реальности — писатель просто перенёс их в свою отчасти вымышленную вселенную. Поэтому, собственно, в Москве достаточно много так называемых булгаковских мест — Патриаршие пруды, гостиница Метрополь, гастроном на Арбате.
Образ булгаковской Москвы начал формироваться уже в 1920-е годы, а с появлением «Мастера и Маргариты» он окончательно закрепился. По Булгакову, Москва — город, окутанный сухим туманом, из которого выступают странные картины и очертания.
В романе не стоит искать точных дат, адресов и названий улиц. Но важно отметить, что Булгаков старался избегать «устаревших» реалий. Так, после трагической гибели Берлиоза Иван Бездомный отправляется в погоню за «профессором» и выходит к Храму Христа Спасителя, где была устроена гранитная купель. По замыслу автора, здесь поэт должен был пройти через «крещение».
Летом 1938 года впервые был перепечатан полный текст романа, однако Булгаков правил его вплоть до самой смерти. Он писал своей жене: «Передо мною 327 машинописных страниц (около 22 глав). Если буду здоров, скоро переписка закончится. Останется самое важное — корректура авторская, большая, сложная, внимательная, возможно с перепиской некоторых страниц».
Кстати, следы морфина, которые обнаружили учёные на страницах рукописей, связаны с тем, что автор работал, преодолевая мучительные страдания. Порой он не мог писать сам — тогда он диктовал жене.
Последние правки были внесены 13 февраля 1940 года.