Недостатки электронных денег в какой то степени являются продолжением их достоинств. Основной недостаток состоит в том, что эмиссия электронных денег гарантируется исключительно эмитентом, государство не дает никаких гарантий сохранения их платежеспособности. Это приводит к тому, что электронные деньги не рекомендуется использовать для осуществления крупных платежей, а также для накопления существенных сумм в течение длительного времени. То есть электронные деньги в первую очередь платежное, а не накопительное средство.
Другой недостаток в том, что электронные деньги существуют только в рамках той системы, в рамках которой они эмитированы. Кроме того, электронные деньги не являются общепринятым платежным средством, обязательным к приему. Из за этого все платежи, которые вы можете совершить при помощи ваших электронных денег, сводятся к тому набору, который предоставляет вам оператор системы, произвольные платежи в рамках системы невозможны. Это очень ограничивает применение электронных денег достаточно специальными случаями, впрочем развитие систем привело к тому, что покрывается достаточно широкий спектр бытовых платежей.
Кроме того, перевод средств из одной системы электронных денег в другую может быть достаточно неудобной и дорогостоящей операцией, подобный перевод обходится существенно дороже, чем перевод внутри системы.