Вильгельм Дёрпфельд составил строгие планы исследовательских работ, раскопок, этим самым лучшим образом определили стратиграфию мест раскопок.
Вот эти работы подтвердили сомнения, что слой Троя II соответствует периоду Троянской войны, этот слой оказался старше на одно тысячелетие.
Больше всего под период Троянской войны, описанной Гомером, подходит археологический слой Троя IV, этому все больше находят доказательств.
Вильгельм Дёрпфельд продолжал раскопки Трои в 1893 и 1894 годах. Раскопки спонсировала жена Генриха Шлимана Софья. Результаты раскопок были опубликованы в 1901 году.
Следующий этап раскопок на холме Гиссарлык продолжились в 1932-1938 годах. Этими работами руководил Карл Блеген из американского Университета Цинциннати. Он использовал уже более совершенные археологические методы, чем его предшественники.
После 1938 года археологические раскопки Трои не возобновлялись до 1988 года. В этом году в Гиссарлык прибыла группа археологов во главе с Манфредом Корфманном из Тюбенского университета.
Это была международная команда, которая в течение длительного времени мобилизовывала археологов со всего мира для ведения раскопок Трои. Результаты раскопок этой экспедиции позволяют значительно уточнить историю древнего города, изучить его нижние слои, но интерпретация результатов раскопок руководителем вызывает острые споры.
После смерти Корфманна в 2005 году раскопки продолжились под руководством Эрнста Перницки при содействии других археологов, включая Петера Яблонка.
С 2013 года Рустем Аслам из Турецкого университета Чанаккале Онсекиз Март взял на себя руководство археологическими исследованиями.
Предметы, обнаруженные на раскопках в Трое, находятся в музеях Стамбула, Берлина, Москвы и Санкт-Петербурга.
Место раскопок на холме Гиссарлыке включены в список всемирного наследия ЮНЕСКО в 1998 году.
В сентябре 2012 года США вернули Турции 24 золотых украшения, украденных с этого места в конце XIX века. Раньше они выставлялись в музее Пенсильванского университета.