По управлению братией преподобный Никон заботился сохранять в точности все установленное преподобным Феодосием, и Господь благословил это усердие, дышащее высоким смирением. «Для первой недели поста, — рассказывает преподобный Нестор, — по причине особенного воздержания, преподобным отцом нашим Феодосием установлено было, чтобы в пяток предлагались добрым подвижникам самые чистые хлебы и еще приготовленные с медом и маком». Так приказывал исполнять и великий Никон.
Но раз, когда Никон велел келарю приготовить хлебы, келарь «ослушался и солгал, сказав, что нет муки для приготовления таких хлебов. Бог не презрел труда и молитвы преподобных. После святой литургии, когда все шли на постный обед, привезли воз таких хлебов, откуда вовсе не ожидали. Увидав это, братия прославили Бога. Потом спустя два дня келарь приказал (для воскресного дня) испечь хлебы из той муки, о которой прежде сказал, что нет ее. Пекари, когда месили тесто и лили теплую воду, увидели лягушку, варившуюся в той воде. Так было осквернено, что сделано по преслушанию». Блаженному Никону приходилось терпеть немало скорбей от братии. И против него, как против блаженного Стефана, восставали с ропотом и негодованием, но он удержался в обители.
Он был свидетелем завещания, показавшего последствиями, как страшно нарушать данное слово и клясться в неправде. Два киевлянина, Иоанн и Сергий, перед Печерской иконой Богоматери, тогда уже прославившейся, заключили между собой духовное братство. Спустя несколько времени Иоанн сделался болен и, чувствуя близость смерти, пригласил к себе блаженного игумена Никона; при нем, раздав много имения бедным, 1000 гривен серебра и 100 гривен золота передал Сергию; ему же поручил пятилетнего сына Захарию и завещал отдать сыну серебро и золото, когда тот достигнет зрелого возраста. Достигнув 15 лет, Захария просил Сергия передать ему отцовскую собственность. «Отец твой, — отвечал Сергий, — отдал имение свое Богу, у Того и спроси; я же не должен ничем ни тебе, ни отцу; отец твой был так глуп, что раздал имение бедным и тебя оставил нищим». Молодой человек долго плакал, выслушав такой оскорбительный отзыв об отце своем; потом сказал Сергию: «Дай мне по крайней мере половину оставленного отцом; а другая пусть будет твоею». Сергий отказал, осыпая отца и сына бранью. Захария просил третью часть, потом десятую. Сергий отказал и в этом. «Если не взял ты ничего у отца моего, — сказал наконец Захария, — иди, поклянись в том перед иконой Богоматери, перед которой заключен тобой союз духовного братства с отцом моим». Сергий до того увлекся жадностью к деньгам, что пошел и перед иконой Богоматери сказал: «Не брал я 1000 гривен серебра и 100 гривен золота». Но когда хотел он целовать святую икону, то не мог подойти к ней и, уходя, кричал: «Преподобные отцы Антоний и Феодосий! Запретите жестокому ангелу губить меня; молите за меня Пресвятую Богородицу, чтобы прогнаны были от меня нечистые духи; пусть возьмут серебро и золото в моей клети». Это навело на всех ужас. Послали в дом Сергия и нашли в запечатанном ящике 2000 гривен серебра и 200 гривен золота. Так Господь не остается в долгу ни перед кем.
Блаженный Никон после долгих и богоугодных подвигов мирно почил 23 марта 1088 года, прожив не менее 86 лет от роду. Погребен был преподобный Никон в обители же Печерской, где и почивают его нетленные мощи. Переселившись духом в обители Небесные, преподобный не оставил совсем своего монастыря, ибо много чудес совершилось от мощей его. Вместе с преподобным Антонием и Феодосием и блаженный Никон предстоит перед Престолом Трисиятельного Божества, и все они, как три светильника, просвещаемые вечной славой, молятся и о нас, своих чадах, как отцы. Мощи его поныне почивают в Антониевых (Ближних) пещерах Киево-Печерской лавры. Память его празднуется также 28 сентября/11 октября (Собор преподобных Ближних пещер) и во 2-ю неделю Великого поста (Собор всех Киево-Печерских святых).