Сюжет анимационного сериала «12 лет» разворачивается вокруг девчонки по имени Ханабе. Барышне двенадцать лет и она учится в шестом классе. Школьница ведет довольно-таки обычный образ жизни и почти ничем не отличается от своих сверстников. Ей придется столкнуться с некоторыми проблемами, которые в определенном возрасте возникают у всех подростков.
Так, Ханабе предстоит решить, стоит ли кому-то рассказывать о поцелуе классного руководителя с незнакомым человеком, свидетелем которого она стала. Кроме того, девочка страшно переживает, что начнет взрослеть раньше своих подруг, и из-за этого перестанет понимать их. Однако все эти проблемы уходят на второй план, когда школьница впервые влюбляется. Она не знает, рассказать ли о своих теплых чувствах мальчику, или лучше промолчать и постараться обо всем забыть.