Первая часть:
Игра является сюжетным приквелом к "Тени Чернобыля" и происходит осенью 2011 года.
Наёмник-одиночка по кличке Шрам ведёт группу учёных через Болота. В этот момент происходит внеплановый и заставший группу врасплох выброс, который прогнозировался не ранее чем через два месяца. Укрыться от него группа не успевает.
Спустя несколько дней Шрам приходит в себя на базе группировки, известной как "Чистое небо", и говорит с её лидером - Лебедевым. Группировка старается держаться обособленно, занимается изучением Зоны и ищет способ мирного сосуществования с ней. Последний выброс изменил Зону до неузнаваемости: в ранее безопасные места теперь закрыт доступ, зато можно пройти туда, куда невозможно было сунуться годами. На фоне этого, между группировками началась активная война за контроль над территориями.
Шрам был обнаружен бойцами "Чистого неба" без сознания посреди Болот и доставлен на базу. То, что ему удалось пережить выброс на открытой местности - настоящий нонсенс.
Во время разговора поступает сигнал SOS от форпоста "Чистого неба". Шрам отправляется на его защиту, поскольку форпост охраняют некоторые из тех бойцов, что ему помогли.
В самый разгар обороны форпоста происходит ещё один неожиданный выброс, от которого Шрам опять не успевает укрыться.
Но вновь остаётся жив. Из разговора с Лебедевым он узнаёт о себе много интересного - оказывается, Большой выброс, под который он попал, наделил его способностью выживать в аномальной обстановке. Но у этой способности есть и тёмная сторона: постепенно нервная система Шрама разрушается, и с каждым новым выбросом он будет всё ближе к гибели.
Чтобы спасти свою жизнь, Лебедев предлагает Шраму сотрудничество. "Чистое небо" считает, что последние катаклизмы в Зоне вызваны тем, что кто-то пробрался в её сердце - и она, как живой организм, отреагировала на это выбросами, надеясь уничтожить тех, кто посягнул на её тайны. Раз выбросы продолжаются, значит, этот кто-то всё ещё жив, и "Чистое небо" ставит задачей его найти и обезвредить, чтобы вернуть Зоне стабильность.
Подняв все свои связи в Зоне, "Чистое небо" выяснило, что некий сталкер недавно посещал торговца Сидоровича и интересовался странными деталями.
Однако прежде, чем Шрам сможет попасть на Кордон и поговорить с Сидоровичем, ему придётся принять участие в войне группировок - после выброса Болота заполонили бандиты, и "чистонебовцы", не обладая должным боевым опытом, стремительно сдают им позиции. Благодаря опыту Шрама, ситуацию удаётся переломить, закрепив "Чистое небо" на Болотах.
И лишь после этого он отправляется на встречу с хитрым торговцем.
Конечно же, за так Сидорович ничего рассказывать не собирается - для того, чтобы получить от него информацию, Шраму сперва приходится выполнить одно заданьице.
Зато, по его выполнению, Сидорович рассказывает о некоем сталкере Клыке, который хотел приобрести ламповые усилители. Шрам отправляется по указанным торговцем координатам, и находит одного из свалочных диггеров - Васяна, от которого узнаёт, что Клык отправился в Тёмную Долину.
Прибыв в Долину, контролируемую группировкой "Свобода", Шрам сталкивается с повышенной настороженностью. Дело в том, что в последнее время группировка подвергается регулярным неуловимым нападениям и не может понять, кто именно их атакует - а главное, как этих кого-то выявить.
Отправляясь на базу "Свободы", Шрам выполняет несколько поручений для коменданта группировки Щукина. Одним из таких поручений становится доставка боеприпасов на форпост, который как раз подвергается атаке. К прибытию Шрама, от защитников остаются лишь трупы.
Найдя и прослушав КПК одного из них, выясняется, что за нападениями стоят наёмники, а Щукин - предатель, сливавший им информацию о перемещениях группировки. Шрам отправляется на личную встречу с лидером "Свободы" - Чеховым.
Чехов согласен разговаривать о Клыке только в том случае, если Шрам настигнет и покарает предателя.
Щукин отправился на встречу с наёмниками - впрочем, они сами с ним разобрались. Уничтожив отряд наёмников, Шрам снимает КПК с трупа бывшего коменданта и доставляет его Чехову.
В благодарность Чехов отвечает на его вопросы. Клык вправду заходил на базу "Свободы" и приобрёл несколько деталей, использовавшихся в старых шифровальных машинках. Чехов заинтересовался и приказал втайне от Клыка установить в его КПК маячок. Последний сигнал с него поступил со стороны барахолки на Свалке.
Добравшись до барахолки, Шрам попадает в ловушку бандитов, обирающих его и оставляющих в полуподвале.
Придя в себя, Шрам находит брошенный Клыком КПК и узнаёт из записей, что группу сталкеров, прорвавшихся к Центру Зоны, возглавляет некий Стрелок. Более того, группа готовит новый поход. Лебедев считает, что их затея может обернуться катастрофой планетарного масштаба, а посему Стрелка с его людьми нужно во что бы то ни стало остановить.
Шрам отправляется на "Агропром", чтобы найти тайник группы Стрелка. Территория находится под контролем группировки "Долг", испытывающей большие трудности из-за сильно расплодившихся мутантов, с которыми приходится неустанно сражаться, а их всё прибывает и прибывает.
Шрам отправляется на главную базу в здании института, говоря с главой группировки - генералом Крыловым.
От Крылова он узнаёт, что мутанты появляются из-под земли - неких туннелей, расположенных под "Агропромом". Единственный реальный шанс разобраться с ними раз и навсегда - затопить туннели, отключив откачивающий грунтовые воды насос. Герои из "Долга" что-то особо на это самоубийственное задание не рвутся, а вот неприкаянным наёмником почему б и не воспользоваться.
Так что Шрам отправляется в подземелья и борется со всякой нечистью, включая босса-контролёра.
Затопив после этого подземелья, Шрам находит тайник Стрелка и КПК с голосовыми сообщениями. Из них становится известно, что двое членов группы - Клык и Призрак, - собирают дешифраторы для открытия некой двери в саркофаге, в то время как Стрелок отправился на Янтарь к учёным за некой штуковиной, которая поможет безопасно преодолеть Выжигатель Мозгов.
Лебедев просит Шрама в срочном порядке отправляться вдогонку за Стрелком, в то время как "Чистое небо" разберётся с Клыком и Призраком.
Выбравшись из подземелий, Шрам следует на Янтарь и встречается с возглавляющим мобильную научную лабораторию профессором Сахаровым, которого расспрашивает про Стрелка.
Со слов Сахарова, Стрелок вызвался провести полевые испытания устройства, защищающего от пси-воздействия, с которым отправился на завод, где излучение наиболее губительно. После этого о нём ничего не было слышно.
Излучение на заводе крайне нестабильно и накатывает непрогнозируемыми всплесками. Несмотря на это, группа сталкеров отважилась пробраться на территорию, пока появилось "окно" между всплесками, и успела вынести довольно интересные документы. Но уже на выходе сталкеры были застигнуты новым всплеском. Сахаров просит принести эти документы ему, поскольку они могут пролить свет на природу излучения.
Делать нечего, и Шрам отправляется к заводу, пребывая в опасной близости от источника губительного излучения. Он находит отряд пацанов, шедших к успеху, но которым чуть-чуть не фортануло, и снимает с трупов документы.
Из них Сахаров узнаёт, что излучение генерирует некая подземная установка, а неравномерные всплески происходят из-за сбоев в её системе охлаждения. Пользуясь инструкциями Сахарова, Шрам с отрядом сталкеров проникают на завод и стабилизируют систему.
Удовлетворённый результатом Сахаров сообщает Шраму, что Стрелок ушёл в Рыжий лес. Шрам спешит вдогонку.
Стрелок успевает убежать по тоннелю, ведущему в город Лиманск, и взорвать его, отрезав досужему наёмнику путь.
Остаётся только путь через реку - только вот мост поднят с другой стороны, и там бандиты встали. Поэтому Шрам отправляется на встречу с местной легендой - Лесником, который отказался от эвакуации ещё в 1986-м и знает о Зоне много такого, чего кроме него никто не знает.
Лесник рассказывает про этот таинственный блуждающий город Лиманск, в котором можно заплутать и никогда оттуда не выбраться. И недавно подобная история произошла с отрядом наёмников, которые тоже к успеху шли, да не вышли - застряли посреди трёх домов и выбраться не могут. Шлют призывы о помощи, которые радио перехватывает, да сигнал не шибко чёткий. Нужен почётче.
Идёт Шрам к самой высокой точке в округе - водонапорной башне на военных складах. По словам наёмников из группы Хога, которые безуспешно пытались разыскать пропавших в Лиманске товарищей, в башне обитает некий жуткий монстр, а посему приближаться к ней они опасаются.
Ужасного монстра Шрам героически гасит, после чего поднимается на самый-самый верх самой высокой башни и ловит чёткий призыв.
Удостоверившись, что наёмники попали именно в пространственную ловушку, Шрам возвращается с этим багажом знаний к Леснику. Дед рассказывает про чудной артефакт, с помощью которого он сам когда-то выбрался из подобной ловушке и окрестил "Компасом", который потом отжали бандиты.
Идёт Шрам в шахты, валит не уважающих старших бандюков и забирает артефакт чудодейственный.
С его помощью можно передать наёмникам координаты выхода, но для этого нужен мощный передатчик. Такой есть только на складах, занятых безрезультатно ждущим эвакуации отрядом военных. К счастью, сражаться в одиночку Шраму не приходится - ему готов подсобить отряд "Свободы", в обмен на то, чтобы самим укрепиться на складах.
Зачистив склады, Шрам пересылает отряду наёмников координаты, благодаря которым они выбираются из коварной аномалии, и готовы встретить отряд "Чистого неба" у моста, чтобы опустить его.
Шрам отправляется к мосту, встречаясь с отрядом "Чистого неба", возглавляемым лично Лебедевым, и прикрывая наёмников, которые под огнём бандитов опускают мост. Теперь путь в Лиманск открыт.
Войдя в Лиманск, обнаруживается, что все возможные группировки двинули через него в обход Выжигателя, как правило, вступая друг с другом в ожесточённые бои.
Шрам и "Чистое небо" прорываются через территорию Лиманска, сражаясь с бандитами, военными и "монолитовцами".
Они попадают в разрушенный госпиталь, занятый "Монолитом", и с боем пробиваются через него.
Наконец, Шрам выбирается на территорию ЧАЭС, где встречается с Лебедевым. Стрелок уже добрался сюда и сейчас совершает решающий забег к саркофагу. Если он попадёт внутрь - всё будет потеряно, поэтому его нужно во что бы то ни стало остановить.
Шрам получает электромагнитную винтовку, с помощью которой он должен вывести из строя пси-защиту Стрелка.
Однако после того, как Стрелка удаётся нейтрализовать, происходит совершенно неожиданное: очередной выброс всё равно случается, убивая всех участников операции.
Шрам приходит в себя в каком-то коридоре, где собраны все сталкеры, добравшиеся до Центра Зоны. Перед каждым из них установлен мерцающий экран, транслирующий какие-то картинки. Здесь же находится и Стрелок.
Таким образом, нас подводят к событиям "Тени Чернобыля": именно здесь Стрелку была стёрта память и он стал частью проекта "S.T.A.L.K.E.R.". А вот дальнейшая судьба Шрама, увы, неизвестна.
Следующая часть:
Другие статьи по вселенной "S.T.A.L.K.E.R.":