Полным ходом шла Третья Мировая Война Шиноби. Узумаки Нагато стал сиротой, после того как шиноби из Скрытого Листа расправились с его родителями. В порыве ярости, сам того не зная, смог использовать риннеган, самое мощное в мире додзюцу, которым обладал Рикуда Саннин, переданный ему от Мадары, и убить тех шиноби. Он скитался совсем один без одежды, еды и крыши над головой. Вскоре он встретил Яхико и Конан, таких же сирот как и он. Они выживали как могли. Им приходилось воровать еду. Через некоторое время они встретили 3-ёх саннинов. Джирайя, один из саннинов, взял их под свою опеку. Он дал им крышу над головой, еду и одежду, а также обучал их техникам.
Во время одной из тренировок, ниндзя напал на Яхико. Нагато, как и в прошлый раз, сам того не ведая, активировал риннеган и убил нападавшего. Тогда Джирайя лицезрел риннеган.
Когда они выросли Джирайя ушёл и им пришлось жить самим. Яхико создал организацию под названием Акацуки. Главная задача Акацуки состоялось в помощи другим людям. Однажды из навестил Обито, выдавший себя за Мадару. Он предлагал сотрудничество, но они отказались. Вскоре из ряды расширились. Даже Ханзо Саламандра воспринял их в серьёз. Он предложил им встречу что они могли помогать друг другу. Но это оказалось засадой. Ханзо, вместе с Данной, взял в плен Конан. Чтобы спасти Конан Яхико должен был умереть и попросил Нагато сделать это. Нагато достал кушай, но колеблился. Яхико сам набросился на кунай и умер. Нагато в порыве ярости, с помощью глаз, призывает Гедомазо и атакует их, но те успели сбежать. Это ознаменовало рождение Пейна.
Не хотя Нагато принял предложение Обито. Нагато ослабленный подключился к статуе Гедо. Он не мог ходить, поэтому он использовал шесть тел, в том числе тело Яхико.
С помощью штирей находящихся в их телах он может управлять ими и видеть всё что видят они. Теперь у Акацуки новая задача. Это сбор биджу. Теперь Акацуки для всех враждебная организация. Вскоре Пейн убил Ханзо Саламандру и захватил власть в городе.
Джирайя прибывший в город для расследования, сталкивается с Пейном. Джирайя еле еле держался против столь сильного противника. Он догадался кто на самом деле Пейн. На спине одной из жаб, он написал код, который означал кто такой Пейн. Потом Пейн убил Джирайю.
По приказу Обито Пейн и Конан нападают на Коноху. Погибло очень много шиноби. В том числе и Какаши. Используя технику "Божественная кара" полностью уничтожает Коноху.
Прибывший после тренеров Наруто решил сразится с Пейном, но даже ему не удалось победить. Дальше они вели диалог. Пейн разъяснял Наруто почему он так поступил. Он рассказал о своих взглядах. Наруто ничего не мог противопоставить Пейну.
Вскоре на Пейна напала Хината. Он проткнул её штирями. Наруто думая что он убил её, высвобождает силу хвостатого. Дело дошло до восьми хвостов. С помощью силу биджу, Наруто смог победить Пейна.
Он нашёл где укрывался Нагато и провёл ещё один диалог с ним. Тогда он изменил мировоззрение Нагато. Ценой своей жизни, Нагато воскресил тех, кого он убил.
Через некоторое время Кабуто воскресил его на 4-ой Мировой Войне Шиноби. Вместе и Итачи он сражался с Наруто и Би. Силы всех путей были в одном теле, в теле Нагато.
Несмотря на то, что Наруто смог контролировать силу биджу, ему было очень тяжело справится с ним. С помощью Итачи они смогли замечать Нагато в мече Тоцука.
Нагато смог обрести покой.