События анимационного сериала происходят в 2045 году в последствии окончания Ghost in the Shell: S.A.C. 2nd GIG.Из-за масштабного экономического краха под названием Синхронизированный всемирный дефолт, обрело начало быстрого усовершенствование технологий, и теперь человечество находиться в опасности.
- Главная героиня Ghost in the Shell майор Мотоко Кусанаги, а по совместительству киборг с человеческим мозгом ушла из полиции вместе с участниками из 9-ого отдела МВД в Японии.
