Александр Сергеевич Морухов родился 23 марта 1919 года в деревне Митьково Юхновский уезд, Смоленская губерния в крестьянской семье. В 1937-1939 годах работал слесарем сантехнической конторы, с января 1939 года - слесарем-сантехником в конторе № 4 московского Метростроя, прокладывая «подземку» на участке между станциями «Аэропорт» - «Сокол».
В Военно-Морском Флоте с ноября 1939 года, прошёл курс обучения в учебном отряде подводного плавания имени С.М. Кирова.
С июня 1941 года командир отделения трюмных машинистов гвардейской подводной лодки «М-35» (3-й дивизион, 2-я бригада подводных лодок, Черноморский флот) гвардии старший краснофлотец А.С. Морухов участвовал в 34-х боевых походах и потоплении 8-и кораблей противника.
При выполнении боевого задания 14 сентября 1942 года Александр Морухов спас от гибели свою «М-35» (командир – старший лейтенант М.В. Грешилов) во время срочного погружения, исправив повреждения вертикального руля. Благодаря своевременному вмешательству А. Морухова, продувшему по приказанию командира цистерну быстрого погружения и кормовую цистерну главного балласта, подводная лодка не достигла критической глубины.
Из воспоминаний Героя Советского Союза М.В. Грешилов:
«На мостике стоит первая боевая смена. - Прямо по курсу самолет! – доложили мне. Командую: «Срочное погружение». Я взглянул на самолёт в бинокль и подумал, что лётчик заметил нашу лодку. Это был Ю-88. Мигом бросаюсь в лодку, закрываю рубочный люк. Заполнить цистерну быстрого погружения, нырять на глубину сорок метров! Вахтенный трюмный Александр Морухов, услышав команду, дал ряд протяжных ревунов, открыл кингстоны средней цистерны быстрого погружения, открыл клапаны вентиляции цистерн, и лодка начала погружаться… Дифферент на корму возрос до 20 градусов, чувствую, что лодка тяжелеет. Стрелка глубиномера показывает 60 метров, это наша предельная глубина погружения. Глубина 65 метров, дифферент возрос до 30 градусов… Глубина достигла 80 метров… Корпус лодки начинает потрескивать, но падение её замедлилось, хотя всё ещё продолжаем погружаться. Морухов чувствует, что давление в магистрали падает, он самостоятельно подключает вторую группу баллонов, корпус начинает зловеще трещать. Держусь руками за приборы на подволоке… Вижу, стрелка приближается к цифре 90 метров. «Как глупо погибаем!» - пронеслось у меня в голове. Стрелка прибора медленно движется к 100 метрам, дифферент лодки достиг 35 градусов на корму. Прошла секунда, стрелка остановилась и начала быстро передвигаться вправо. Глубина 76 метров! Кажется, остались живы. Дифферент выровнялся на глубине 60 метров, затем начал идти на нос. Основным виновником оказался курсант пятого курса инженерного училища, отдыхавший после вахты за дизелем Он находился с нами во втором походе, участвовал в погружении лодки по срочному. Услышав сигнал ревуна, он кинулся закрывать газоотводный клинкет, который уже был закрыт за две секунды после остановки дизеля. Курсант начал вращать маховик клинкета на закрытие, но тот не поддавался. Курсант растерялся, начал вращать маховик в другую сторону, на открытие, в результате чего в лодку попало более 3 тонн забортной воды. Благодаря умелым действиям личного состава и особенно Александра Морухова, лодка была спасена от гибели».
В сентябре 1943 года А. Морухов выходил в боевой поход на подводной лодке «М-113». Находясь на позиции в надводном положении, 28 сентября 1943 года подлодка подорвалась на плавающей мине. От взрыва носовая часть корабля до 9-го шпангоута была оторвана. Александр Морухов своими грамотными действиями создал условия для успешной борьбы за живучесть подводной лодки, чем способствовал скорейшему устранению последствий аварии и благополучному возвращению поврежденной лодки в базу своим ходом.
За мужество и героизм, проявленные в боях, указом Президиума Верховного Совета СССР от 22 июля 1944 года гвардии старшему краснофлотцу Морухову Александру Сергеевичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».
В 1946 году старшина 1-й статьи А.С. Морухов демобилизован.
В 1957 году А.С. Морухов окончил Московский институт инженеров железнодорожного транспорта. Работал в московском Метрострое. Занимался механизацией трудоёмких работ под землёй.
Александр Сергеевич Морухов скончался 22 сентября 2001 года. Похоронен на Черкизовском Северном (Подрезковском) кладбище.