Федеральное государственное автономное научное учреждение «Всероссийский научно-исследовательский институт молочной промышленности» (далее – Институт) является научной организацией.
Институт является правопреемником Всесоюзного научно-исследовательского института молочной промышленности, созданного в соответствии с приказом Народного комиссариата внутренней и внешней торговли СССР от 29 декабря 1929 г. № 187.
В соответствии с постановлением Совета Министров СССР от 30 ноября 1985 г. № 1169 Институт в составе НТЦ «Мясомолпром» передан в ведение Госагропрома СССР.
В соответствии с приказом Госагропрома СССР от 15 октября 1986 г. № 580 Институт переименован во Всесоюзный научно-исследовательский и конструкторский институт молочной промышленности НТЦ «Мясомолпром».
В соответствии с распоряжением Совета Министров СССР от 31 августа 1989 г. №1543 Институт в составе НТЦ «Мясомолпром» передан в ведение Всесоюзной академии сельскохозяйственных наук имени В.И. Ленина.
В соответствии с Указом Президента РСФСР от 20 августа 1991 г. № 66, приказом Всесоюзной академии сельскохозяйственных наук имени В.И. Ленина и Минсельхозпрода РСФСР от 6 сентября 1991 г. № 75/879 и на основании совместного приказа Минсельхозпрода РСФСР и Российской академии сельскохозяйственных наук от 2 октября 1991 г. № 976/48-пк Институт передан в ведение Российской академии сельскохозяйственных наук.
В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 30 января 1992 г. № 84 «О Российской академии сельскохозяйственных наук» на базе Российской академии сельскохозяйственных наук и Всесоюзной академии сельскохозяйственных наук создана единая Российская академия сельскохозяйственных наук, в ведение которой передан Институт.
В соответствии с постановлением Президиума Российской академии сельскохозяйственных наук (протокол № 2 от 15 февраля 1999 г.) Институт переименован в Государственное учреждение Всероссийский научно-исследовательский институт молочной промышленности.
В соответствии с постановлением Президиума Российской академии сельскохозяйственных наук (протокол № 9 от 27 сентября 2001 г.) Институт переименован в Государственное научное учреждение Всероссийский научно-исследовательский институт молочной промышленности Российской академии сельскохозяйственных наук.
В соответствии с Федеральным законом от 27 сентября 2013 г. № 253-ФЗ «О Российской академии наук, реорганизации государственных академий наук и внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации» и распоряжением Правительства Российской Федерации от 30 декабря 2013 г. № 2591-р Институт передан в ведение Федерального агентства научных организаций.
В соответствии с приказом Федерального агентства научных организаций от 18 сентября 2017 г. № 600 создано Федеральное государственное автономное научное учреждение «Всероссийский научно-исследовательский институт молочной промышленности» путем изменения типа существующего Федерального государственного бюджетного научного учреждения «Всероссийский научно-исследовательский институт молочной промышленности».
В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 15 мая 2018 г. № 215 «О структуре федеральных органов исполнительной власти» и распоряжением Правительства Российской Федерации от 30 мая 2018 г. № 1055-р «О ликвидационных мероприятиях по упразднению ФАНО России» Институт передан в ведение Министерства науки и высшего образования Российской Федерации.