В ноябре 1997 года председателю правительства России Виктору Черномырдину было направлено письмо за подписями министров Якова Уринсона и Игоря Сергеева, в котором предлагалось, с учётом реалий международной и внутренней обстановки, финансовых и производственных возможностей России, придать Московскому институту теплотехники (МИТ) функции ведущей организации при создании перспективных средств ядерного сдерживания (СЯС), имея в виду прежде всего определение технического облика таких средств. После утверждения письма научно-техническое сопровождение разработки и отработки стратегических ракетных комплексов морского базирования были переданы 4-му ЦНИИ МО РФ, ранее этим не занимавшемуся. От разработки стратегических ракетных комплексов для ВМФ и РВСН были отстранены отраслевые научно-исследовательские институты Роскосмоса: ЦНИИмаш, НИИ тепловых процессов, НИИ технологии машиностроения, ЦНИИ материаловедения. Генеральным конструкторам и директору МИТа Юрию Соломонову было предложено разработать универсальную стратегическую ракету для ВМФ и РВСН.
Решение в пользу разработки ракеты «Булава» было принято в 1998 году вновь назначенным на пост главнокомандующего ВМФ России Владимиром Куроедовым после трёх неудачных испытаний законченного более чем на 70 % комплекса стратегического оружия «Барк». В результате Совет безопасности РФ отказался от разработки Миасского КБ им. Макеева (разработчика всех советских баллистических ракет подводных лодок — БРПЛ, за исключением Р-31) и передал разработку новой морской стратегической ракеты Московскому институту теплотехники. В качестве аргументов в пользу такого решения называлось стремление к унификации морских и сухопутных твердотопливных ракет. Противники этого решения указывали на сомнительные плюсы от унификации, отсутствие у МИТ опыта создания ракет морского базирования, необходимость переделки АПЛ «Юрий Долгорукий», строящейся с 1996 года на северодвинском машиностроительном предприятии «Севмаш» и первоначально проектировавшейся под «Барк».
После успешных испытаний 29 июня 2007 года было принято решение о серийном производстве наиболее отработанных узлов и деталей ракеты
«Воткинский завод» в 2008 году, до принятия на вооружение, началосерийное производство ракеты.
По словам Юрия Соломонова, «Булава» разрабатывается как «корабельный ракетный комплекс, унифицированный для двух типов ракетных подводных крейсеров стратегического назначения — проекта 941 „Акула“ и проекта 955 „Борей“». При этом перенос сроков принятия на вооружение ракетного комплекса делал невозможным использование по прямому назначению трёх стратегических АПЛ проекта 941 «Акула» и ставил под вопрос целесообразность строительства новых стратегических ракетоносцев класса 955 «Борей».
В июне 2012 года Главком Военно-морского флота Виктор Чирков заявил: «Ракета „Булава“ де-факто принята на вооружение. Де-юре идет техническое оформление документации».
В конце ноября 2013 года в Североморске на губе Окольной началось возведение хранилищ для стратегических ракет «Булава».
Всего на начало 2014 года было изготовлено 46 ракет, 19 из которых были запущены во время испытаний.
В январе 2017 года сообщалось о разработке перспективной версии МБР «Булава», которая будет отличаться несколько большими размерами, стартовым весом и увеличенной полезной нагрузкой.
В июне 2018 года ракета «Булава» принята на вооружение ВМФ РФ по результатам успешных испытаний.